При в.к. Василии и Иоанне Грозном у Нордкапа проповедовал постриженник Соловецкого монастыря преподобный Феодорит. Для пустынных подвигов он отплыл к реке Коле и пробыл около 12 лет. В Новгороде посвящен во иерея и, воротясь а Лапландию, основал на устье Колы монастырь святые Троицы. Он проповедовал лопырам на их родном языке, переводил молитвы и учил грамоте. Однажды он в один день крестил до 2000 человек. Удалясь из монастыря, он жил потом в Новгороде, затем был Архимандритом в суздальском Евфимиевом монастыре, ездил в Грецию по поручению Грозного для испрошения у восточных патриархов утверждения принятого государем царского сана; воротись, жил в вологодских пределах, но не забывал Кольских духовных чад и уже в старости, ездил для укрепления их в вере. Он скончался в 1577 году.
У самого Нордкапа проповедовал христианство преподобный Трифон Печенгский (1495—1583). Несколько лет он боролся с языческими кебунамн, не раз подвергался от язычников побоям, прятался в горах от смерти, но достиг цели настойчивостью. Просветив множество лопарей на реке Печенге и Пазреке, он сходил в Новгород за антиминсом, построил на Печенге церковь святой Троицы, в Коле нашел священника и в 1533 году открыл богослужение, а сам постригся в монашество. С Колы и Печенги христианство потом распространилось на Терском берегу, около Кандалашской губы и по всему поморью. Правительство помогало проповедникам, давая им средства к Устроению церквей и снабжая крестившихся лопарей жалованными грамотами. Величайшим бедствием для христиан в Лопском крае были частые нападения на него шведов. Сама Соловецкая обитель должна была превратиться в крепость и содержать вооруженные отряды как в своих стенах, так и в построенном ею Сумском остроге.
В середине XVI века Москва предприняла наступление на Казань. Началось завоевание Казанского царства, пролагавшее Церкви путь на восток. Первый шаг к завоеванию Казани,— основание Свияжска — ознаменован чудесным явлением преподобного Сергия — покровителя Москвы; язычники черемисы видели, как неземной старец ходил вокруг лесной поляны, на которой возник после Свияжск, с пением и кадил линию будущих городских укреплений. Самый поход Иоанна под Казань в 1552 году был окружен церковными обрядами и молитвами и имел характер крестного похода. На 2 октября Казань была взята после взрыва ее стен. По взятии города, царь велел ломать мечети и строить церкви.На месте, где во время штурма Казани стояло царское знамя с образом Спаса, в тот же день царь заложил церковь Спаса, а близ нее выстроил обыденную церковь во имя дневных святых Киприана и Иустины, потом на другой день заложил собор Благовещения. За городом, где погребены были павшие воины, ведено было построить монастырь Успенский Зилантов. Татары крестились целыми семействами. На другой год в Москве крестились два царя казанских - Эдигер и пятилетний Утемиш-Гирей.
После взятия Казани еще долго нужно было воевать с подвластными ей народами. Долгая борьба предстояла церкви с мусульманством и язычеством. На московском соборе 1555 решено открыть в Казани особую епархию. Первым святителем в Казань назначен был селижаровский игумен Гурий (в прошлом боярский сын). Создание Казанской архиепископии по решению Собора 1555 г., через три года после захвата этого ханства, было одной из светлых страниц страшного царствования Грозного, Политика Иоанна в новоприсоединенных Казанском и Астраханском ханствах была мудрой. Он учредил Казанскую епархию для миссионерства среди татар-мусульман и среди языческих финских и тюркских инородцев. Отправление его на епархию совершилось с торжественностью. Это духовный поход на Казань. Новый святитель ехал с иконами, книгами, церковной утварью и казной государя на строительство церквей и монастырей. Ему дан наказ: обращать людей к истиной вере, привлекая их к себе лаской, кормами, дарами, заступлением перед властями. Крестить только добровольно, крещенных наставлять у себя на дому или по монастырям в вере, крестить и тех, которые пожелают того для избежания от наказаний за вины, печаловаться перед воеводами и судиями за подсудимых, обличать неправды властей, участвовать с ними во всех советах. Своим учением и жизнью святой Гурий благотворно действовал на покоренных инородцев и на 9 год своего святительства обратил их многие тысячи. Последние 3 года своей жизни он не мог ходить по болезни, но на носилках являлся в храм и учил паству. Царь благоволил к святителю и помогал ему. Когда в 1556 г. новокрещеные татары приняли участие в казанском бунте (Брокгауз: «Проповедь Евангелия, начатая в Казанском крае св. Гурием, шла слабо, несмотря на целый ряд мер, часто жестоких и несправедливых, против некрещеных в пользу крестившихся; так, напр., в 1654 г. состоялось распоряжение об отдаче поместий и вотчин некрещеных владельцев в наследство только крещеным, хотя бы они были и дальними родственниками владельцев. Эти меры вызывали ропот среди населения, и оно приняло живое участие в бунте Разина, обещавшего свободу веры»), по настоянию Гурия все некрещеные татары выселены в особую слободу. Гурий скончался 4 декабря 1563 г.
Помощниками Гурия были архимандриты ВарсонофийиГерман. Первый сын серпуховского священника, в 17 лет попал в плен к крымским татарам и за три года успел изучить язык и веру. В Казани он устроил Спасский монастырь и дал ему устав. По своему знанию татарского языка и нравов, он был полезнейшим сотрудником святителя Гурия; много татар привлекло к нему еще его искусство врачевания болезней. С 1567 года он был епископом в Твери, но под старость (1571 г.) снова воротился в Спасский монастырь, где и скончался в 1576 году. Святой Герман, из бояр. В Казанской земле он устроил Свияжский Богородицкий монастырь, сделавшийся просветительным центром для всей нагорной части Казанского края. После смерти святого Гурия он был преемником его по кафедре и достойным продолжателем его дела.
В 1563 г., после смерти Гурия митрополитом Казани назначен был не менее мудрый и тактичный св. Герман. Его миссионерская деятельность была просвещенной и успешной, не вызывая злобы и обид у иноверцев. Но архиерейство его в Казани было кратковременным; его загадочная кончина в 1568 г., после высылки Иваном IV из Москвы, связывается с его надеждами на опричнину. Его преемником и учеником был Гермоген, который стал первымКазанским митрополитом после установления патриаршества в России в 1589 г. Казанская миссионерская епархия закладывает начала волжско-уральско-сибирской и дальневосточной и аляскинско-американской миссионерской деятельности Русской Православной церкви. В 1606 г. Гермоген возводится Василием Шуйским на патриарший престол.
Завоевание Казанского царства проложило путь к завоеванию царства Астраханского. В 1567 году в Москве крестилась астраханская царица с сыном, а в следующем году послан в Астрахань игумен Кирилл для крещения народа и устроения церквей и монастырей. По церковному управлению Астрахань присоединена к Казанской епархии. Из Астрахани Россия завязала сношения с народами Кавказа, которые издревле исповедовали православие, но отступали от него в следствии мусульманских гонений. В Москву один за другим приезжали черкесские князья и крестились. Из Москвы посылали к ним в горы священников восстановлять православную веру. В 1586 году приходили послы из единоверной Кахетии; князь ее Александр, теснимый турками и персами, просил царя о защите от врагов; из Москвы отправлены к нему священники, монахи и иконописцы для восстановления чистоты веры и богослужения. пострадавших от постоянного влияния соседних мухаммеданскнх народов.
С занятием в XVII в. Сибири появляются миссионеры и там, но больших результатов проповедь не достигала вследствие слабого развития просвещения среди духовенства. Успешнее шла проповедь среди мордвы рязанского архиепископа Мисаила, который крестил в Касимове двух царевичей; в Шацком и Тамбовском уездах крещено 4200 человек татар и мордвы; к православию присоединялись иногда целые селения. В 1656 г. он отправился во второе миссионерское путешествие; на этот раз он встретил упорное противодействие со стороны мухаммедан и язычников, но с помощью гражданской власти успел обратить еще множество мордвы и татар; во время третьей поездки мордва убила его стрелами около села Конобеева.
В XVI в., с покорением Перми и с поселением Строгоновых и др. промышленников, возникают Пыскорский и Соликамский м-ри, известные своей просветительской деятельностью. Из Пыскорского м-ря вышел преп. Трифон Вятский (просветитель пермских вогулов и остяков, постриженик Пыскорского монастыря. Проповедуя Христа, он дошел до места нынешней Перми, где сжег дерево, около которого происходили языческие моления. Язычники едва не убили его за это, но многие, видя, что сами боги не наказали его, стали креститься; крестились даже семейства остяцкого и вогульского князей. Потом он основал на р. Чусовой Троицкий монастырь, где и жил 9 лет, продолжая свою проповедь до тех пор, пока его не прогнали соседние жители за неосторожно произведенный им лесной пожар. После этого он ушел в Вятку, где основал Успенский монастырь (1580), но по неудовольствию братии на его строгость скоро удалился и отсюда. С тех пор он вел долгую странническую жизнь, проповедуя христианство по берегам Камы и Вятки. Уже в глубокой старости Т. снова возвратился в свою вятскую обитель, где и скончался в 1612 г.).
При покорении казаками Сибири в XVII столетии буряты были аборигенами в занимаемых ими ныне местах. Первое знакомство русских с Б. относится к 1612 г., а в 1628 г. некоторые из северо-западных племен впервые обложены ясаком. Заложение на берегу Ангары Братского острога в 1631 г., но в особенности насильственное обращение Перфильевым в христианство и его жестокости, вызвали бегство первоначально рода Балагат (булагат), через Тунку, к Халхасам, а в 1660 г. последовали за первыми беглецами в Монголию и тункинские Б. Возникшие в скором времени в Халхе беспорядки, вследствие нашествия элетского хана Галдана и изменившиеся в пользу инородцев порядки в Сибири, были причиной обратного движения бурят в пределы Тунки и Забайкалья (в 1665—1710 гг.). Мало-помалу, хотя и не без борьбы, все роды бурят приняли русское подданство, так что к началу XVIII столетия все сибирские буряты считались русскими подданными (историю покорения Б. см. Восточная Сибирь, Иркутская губерния и Забайкальская область).
Енисейские остяки, проживающие в Туруханском крае, имеют мало общего с обскими своими сородичами, говорят на совершенно особенном языке, занимаются преимущественно рыболовством; они все окрещены, но христианство ими плохо усвоено; шаманы играют у них, как и у всех северных инородцев, большую роль. Остяки — частью оседлое, частью бродячее племя.