Дуализм патриаршей системы был чужд тоталитарному мышлению Петра. Церковь не исключалась из этой программы. Петр даже усиливал ее, настаивая на формальном образовании кадров духовенства, внедряя и расширяя сеть семинарий. Но петровская программа лишала Церковь собственного голоса. Ей присваивалась роль «религиозной команды», т.е. роль приводного ремня от правительства к народу. Поэтому уже первые годы петровского царствования отмечены гонениями на независимо мыслящее духовенство.
В 1691 г. Петр казнит одного из самых образованных московских священников и просветителей, одного из основателей Московской академии, Сильвестра Медведева по обвинению в латинской ереси; хотя через 10 лет он же назначает явного латинизатора Яворского патриаршим местоблюстителем. В чем же состояло преступление Медведева? В 1697 г. был подвергнут страшным пыткам, а затем отправлен в цепях в далекую монастырскую тюрьму другой высоко просвещенный московский игумен, Авраамий, чьи пастырские училища, открытые им в московском Андреевском монастыре, считались лучшими в России. Его «преступление» заключалось в том, что он посмел направить Петру памятную записку, в которой критиковал его за пренебрежение человеческой жизнью и материальным благополучием своих граждан. Он рекомендовал Петру прекратить пьяные оргии с богохульными увеселениями и бесконечные путешествия, заняться систематическим управлением государством, последовательным проведением реформ, особенно в области общественной справедливости, в подборе способных, честных и популярных администраторов как в гражданской, так и в церковной областях, особенно при назначении архиереев. Авраамий был выдающимся просветителем, лояльным к Петру сторонником его реформ в принципе. Но он посмел иметь собственное, и к тому же критическое, мнение, что уже было преступлением вглазах царя.
В борьбе с самостоятельностью Церкви и с цельювыжиманияиз нее доходов для оплаты своих дорогостоящих войн, Петр в 1701 г. восстанавливает ликвидированный было в 1675 г. Монастырский приказ, который теперь взимал налоги с архиереев. Начальником приказа Петр назначил одногоиз своих фаворитов-боярина Ивана Мусина-Пушкина. Так, на первых порах, управление Церковью было разделено между местоблюстителем-митрополитом Рязанским, Стефаном Яворским, и Монастырским приказом который был в руках государственных чиновников. Митрополит и епископат ведали еще только вопросами дисциплины священнослужителей, рукоположениями и назначениями духовенства бракоразводными делами, половыми преступлениями и вопросами ересей и расколов. Монастырский же приказ ведал всеми земельными угодиями архиерейских и патриарших домов и монастырей, а также жителей на этих землях, высасывая из них колоссальные средства на нужды правительства.
Приказ в 1708 г. митрополиту Стефану, который был близким другом Мазепы во время своего профессорства в Киеве, предать Мазепу церковному анафематствованию за измену.
Петр предпочитал великорусскому духовенству, особенно епископату и семинарским учителям, духовенство западнорусское, в котором он видел более надежных союзников своего западнического курса. Киевские школяры, завершавшие свое образование в католических университетах, где они должны были прикидываться униатами и присягать на верность папе, хоть по возвращении в Киев и отрекались от католичества, по духу и содержанию своего богословия в значительной степени оставались римо-католиками восточного обряда. Затем это богословие они переносили с собой в Всликороссию. Правда, некоторые, наоборот, пережив унижение вынужденного сокрытия своей подлинной религии и ложной присяги Риму, возвращались ненавистниками римо-католичества. компенсируя это увлечением протестантизмом. А как мы знаем, лютеранство исповедовало принцип «Какой веры государь, такой же и подданные» т.е. принцип национальной Церкви и ее возглавления государем, в отличие от римо-католической традиции, где Церковь экстерриториальна и находится в постоянной борьбе с государством за свое первенство.
В петровской России представителем католической линии был Стефан Яворский, чья главная книга «Камень веры», издание которой было запрещено Петром, была решительной апологией патриаршества и автономии Церкви в государстве.
Самым влиятельным идеологом лютеранского образца был Феофан Прокопович, ученый монах и профессор Киевской академии, решительно взявший сторону Петра в деле Мазепы. Петр сблизился с Прокоповичем в 1709 г., услышав в Софийском соборе Киева его красноречивую проповедь, прославлявшую Полтавскую победу. В 1716 г. Петр перевез Прокоповича в свою новую северную столицу проповедником, готовя его хиротонию. Всполошилась Московская академия, четырьмя годами раньше протестовавшая против приближения Петром протестанта по богословию. В этот раз письменный протест подают руководители академии архимандриты феофилакт Лопатинский и Гедион Вишневский; к ним присоединяет свою подпись Стефан Яворский. Петр подождал два года и в 1718 г. добился Феофановой хиротонии в епископа Псковского, с местопребыванием в Петербурге, который пока не имел своей архиерейской кафедры. Еще в 1716 г., предвидя свою хиротонию. Феофан жаловался в письме своему другу по Киевской академии, что ненавидит архиерейские облачения и всю богослужебную и церемониальную помпу, с этим связанную. Карташев указывает; что хранившаяся в библиотеке Новгородской семинарии личная библиотека Прокоповича в три тысячи книг на три четверти состояла из творений протестантов. На них он и опирается в своих проповедях и публикациях, которых у него было более 70 - все публицистического типа, в основном направленные, с одной стороны, на возвышение царской власти и придание ей мистической окраски, а с другой -на демистификацию власти архиерейской. Опираясь на Ветхий Завет и на традицию римских императоров, Прокопович выдвигает протестантскую доктрину единственного «масстета», т.е. величества только царя, который является одновременно главой государства и Церкви, выбрасывая за борт православную доктрину двойственности и «симфонии». Симпатии Петра - на стороне Прокоповича, а не сидящего в далекой Москве Стефана Яворского, который осуждал даже в проповедях чрезмерную секуляризацию Церкви Петром. Осуждал он и передачу Петром новосозданному им в 1711 г. Сенату царских полномочий над Церковью в его, Петра, отсутствие. Митрополит Стефан особенно критиковал созданный Петром при Сенате институт «фискалов», т.е. доносчиков. А в проповеди по случаю дня рождения царевича Алексея, нелюбимого Петром за оппозицию его радикальным реформам, митрополит обрушился на использование фискалов и в делах церковных.
Но Петр с Прокоповичем шаг за шагом лишали епископат самостоятельности. В 1716 г они изобрели новую присягу лояльности архиереев царю, которую должны были приносить не только новохиротонисанные епископы, но и состоящие уже в сане, в том числе и бедный Яворский. Новая присяга подчеркивала личную лояльность каждого отдельного архиерея, обещание не вмешиваться в гражданские дела, кроме крайних случаев, но и тогда епископ не имел права принимать какие-либо меры самостоятельно, он мог только выразить свое мнение и несогласие лично царю. Присяга требовала от епископов следить за поведением монахов, не разрешать им предпринимать необязательные путешествия; а царя присяга называла крайним судией, что было полнейшей ересью, ибо крайний судия - только Бог.
Сокрушительным ударом по престижу и весу митрополита Стефана был побег в Австрию царевича Алексея в 1717 г и его репатриация в 1718 г. Хотя Петр через своего посланника Толстого, отправленного в Вену уговорить царевича вернуться, обещал ему свободу и безопасность, Алексей был арестован в России и, подвергнутый пыткам, вскоре скончался или был убит. Все архиереи, с которыми Алексей переписывался или был связан так или иначе, были доставлены в Петербург и, подвергнутые жесточайшим пыткам, признались, что между ними и Алексеем был тайный заговор восстановить старые обычаи после смерти Петра. В наказание митрополит Ростовский Досифей был колесован, его отрубленная голова выставлена напоказ, а митрополит Иосиф Киевский умер по дороге в Петербург, куда его везли в цепях, Яворский, как говорится, отделался испугом, так как Алексей ему из-за границы не писал, хотя его подпись стояла на первом месте в коллективном письме русского епископатас просьбой к Петру помиловать царевича.
Что касается замены патриаршества Синодом, то первые подступы к этому были сделаны еще в 1700-1701 гг. Затем была передача особых полномочий над Церковью Сенату в 1711 г. В 1715-1717 гг. Петр создает систему коллегий по шведскому образцу. Одна из коллегий, еще по проекту английского правоведа Фрэнсиса Ли, заказанному Петром во время его пребывания в Англии в 1698 г., должна была ведать церковными делами. Карташев считает, что в 1718 г. поручает Феофану Прокоповичу заняться подготовкой реформы.
В 1720 г. готов «Духовный регламент», по которому создается Духовных дел коллегия. На первой же своей сессии она была переименована в Правящий Святейший Синод. Формально председательствует в нем старейший по хиротонии митрополит, но на практике, пока жив был Феофан, управлял им он, а после его смерти Синод прибирает к рукам «око государево» -обер-прокурор, назначаемый царем в качестве своего представителя - Земным главой Церкви в этой системе является император. Правящий Святейший Синод не стал ни правящим, ни святейшим.
«Регламент» - идеологический манифест или программа, чем свод законов или правил. Прокоповичу чужда концепция Церкви как мистического Тела Христова. Он определяет Церковь всего лишь как «объединение Божьего народа в общество или республику граждан для того, чтобы они знали друг друга лучше, помогали бы друг другу и с Божьей помощью защищались бы лучше от врагов». Что касается отмены патриаршества, то об этом многозначительно говорится, что честь и слава, возносимые Церковью своему Верховному Пастырю, могут ввести простой народ в заблуждение, натолкнуть на ложную мысль, «будто он второй Государь, равный Самодержцу, а то еще даже и выше его стоящий... [Простой народ может] возомнить, что церковный порядок является иным и даже лучшим государством... Простые души смущаются такими идеями до такой степени, что в некоторых вопросах начинают обращать свои взоры не так к Самодержцу, как к Верховному Пастырю». Далее идет тирада, пытающаяся доказать, что помазание царя дает ему право на власть и функции не только епископа, но епископов епископа. Жонглируя этимологией греческого слова эпископос, что значит надзиратель или надсмотрщик, Прокопович называет царя верховным надзирателем - верховным епископом государства, т. е. верховным епископом и Церкви, входящей в государство.
Крайний монархист-абсолютист в отношении царской власти, Прокопович перестает быть монархистом, как только переходит к обсуждению архиерейства. Тут он утверждает, что люди с большей охотой «принимают власть совета и скорее готовы подчиняться его распоряжениям, чем приказам отдельной личности». Поэтому Синод (или Коллегия, как сказано в «Регламенте») более легитимен, чем патриарх, меньше подвержен ошибкам и коррупции.
В 1722 г. к Регламенту, были добавлены поправки, в том числе новое правило, обязывавшее священника раскрывать тайну исповеди полиции, если у него исповедовался человек с преступными замыслами, особенно против царя, и если он в этих замысла, не раскаивался. Это постановление, несовместимое с канонами о тайне исповеди, было включено в качестве закона в Полное собрание законов Российской империи, т.е. теоретически подлежало исполнению до последнего дня существования империи. Но на практике закон, по-видимому, перестал действовать где-то с 40-х гг. прошлого века, ибо не был включен в 15-томный «Свод законов Российской империи».
Затем следовали дополнения с подробнейшей разработкой правил о монашестве, одно из которых запрещало монахам держать чернила и бумагу в келиях без специального разрешения игумена. Получив с его разрешения бумагу и чернила, монах должен был держать дверь своей кельи открытой, пока писал, а затем обязав был предъявить написанное игумену на цензуру. Другое правило запрещало постригать в монашество неграмотных и в возрасте моложе 30 лет от роду. Непонятно, зачем требовалась грамотность от монашествующих, которым запрещалось писать?! Монастырям запрещалось принимать бродяг, дезертиров, бывших уголовников, лиц неизвестного гражданского состояния, не установив их личность. Этими мерами, а также отбором в армию многих послушников и даже молодых монахов монашества было сокращено с 25 тысяч в 1724 г. до 14 тысяч к 1738 г. С другой стороны, монастырям приказывалось давать пристанище военным инвалидам, отставным бездомным солдатам и офицерам, даже с их женами и семьями, равно как и вообще больным и увечным, направляемым в монастыри государством. Если в монастыре не было места для этих лиц, правительство требовало выселения монахов, чтобы освободить место для присылаемых правительством. Причем солдаты и пр. должны были получать ту же еду и те же деньги, что и монахи, а отставные офицеры - полуторную норму монаха. Когда Синод пожаловался царю, что эти требования невыполнимы, ибо у монастырей после отбора их угодий в Монастырский приказ нет средств, Петр возвратил Монастырский приказ под власть Синода и разрешил монастырям удерживать доходы с недвижимости для благотворительных целей.