Царствование императора Павла Петровича (1796-1801) было переходным. Опасаясь потери престола, на который не имела законных прав, Екатерина держала сына фактически под арестом в Гатчине, он вступил на престол в 42 года в политическом отношении несовершеннолетним. Воспитанник митрополита Платона (Левшина), Павел был глубоко верующим человеком: не деистом, как его мать, но и не поверхностным религиозным романтиком, как его наследник Александр. Однако общим у него с Александром было некое внеконфессиональное отношение к религии. Он приютил у себя изгнанные Наполеоном Иезуитский орден и орден Мальтийских рыцарей, принял звание Великого мастера ордена. Приглашал он и папу римского переселиться в Россию. Убежденный монархист-самодержавник, Павел хотел восстановить византийскую традицию священноимператоров, попытавшись во время своей коронации в полном обмундировании, с саблей, войти в алтарь Царскими вратами, чтобы причаститься вместе с духовенством. Но митрополит Платон остановил его словами о бескровной жертве. Павел покорился, снял оружие, но в Царские врата вошел. Это единственный случай вхождения царя Царскими вратами в алтарь. Павел уважал духовенство, но по-канцелярски: считая гражданские награды высочайшим почетом, начал награждать орденами, медалями, аксельбантами священников и епископов, причем как белое духовенство, так и архиереев, вслед за своей матерью, впервые в истории православия наградившей митрой протоиерея. Система обер-прокурорства еще не сформировалась и зависела от личности обер-прокурора. Первый обер-прокурор павловского царствования князь В. А. Хованский ввел строжайший контроль чуть ли не за каждым шагом архиерея и начал распространять власть прокурорских мирских чиновников и на епархии, требуя от консисторских секретарей ежемесячных рапортов обер-прокурору После жалобы Синода императору Хованский был не только снят, но Синоду было предложено самому избрать преемника. Им был избран граф Д. И. Хвостов, который по сути отошел в тень, предоставив всю власть председателю Синода митрополиту Амвросию на следующие три года. Это была лебединая песнь синодского епископата, так как следующим обер-прокурором, в 1803 г., стал князь А. Н. Голицын, гонитель Церкви александровской эпохи. Ассигнования на Церковь, компенсация за отнятые имения при Павле были удвоены, достигнув почти четверти государственных доходов от них, значительно увеличена смета на духовные школы. Павел удвоил размеры земельных наделов архиерейских домов, и предоставил монастырям и тем же архиереям много мельниц, мест для рыбной ловли и других наделов. В его же царствование было узаконено единоверие, допускавшее богослужебный обряд Старой веры. Открыт ряд дополнительных семинарий, а Петербургская и Казанская возведены в 1797 г. в звание академий. Трагедия Павла - неприспособленность к власти, отсутствие гибкости и способности идти на компромиссы, непоследовательность и бессистемность, враждебные отношения с екатерининскими вельможами, порожденные нерасположением к ним и строгостями, а также восстановлением телесных наказаний дворянству, но не духовенству, равно как и попытка развязать войну с Англией стоили ему жизни.
XIX век начался с восшествием на престол в 1801 г. Александра I - человека лицемерного, загадочного, склонного к мистицизму. Он качался от мечтаний об утопическом золотом веке к пессимистическим мыслям о бренности мира и бессмысленности всех человеческих потуг. Он олицетворял собою новую эпох. Поверхностное и эмоциональное пробуждение не вело к глубо-ким богословским раздумьям. Жажду духовности, вызванную распадом секулярных рационалистических надежд, общество пыталось утолить из мистических учений - пиетизма и масонства, Галлицизированное и вольтерьянствующее русское «просвещенное» общество не могло принять "отсталую", крестьянскую Восточную Церковь. Пиетизм и масонство были приемлемы потому, что пришли с Запада. Их распространенность свидетельствовала о раздвоении Церкви на внешнюю и внутреннюю. Внешняя - это видимая Церковь с ее обрядами, канонами и догматикой, которые воспринимались как средство постижения высшей цели - Церкви внутри самого себя, а через нее - мистического непосредственного познания Божества, Творца. Общественная храмовая молитва трактовалась как значимое действие для некультурной толпы и была начальным этапом для избранного меньшинства. При такой установке конфессиональные различия теряли значение. Александровская эпоха была временем предельной религиозной терпимости в России, не распространявшейся на православие, к которому высший свет относился с пренебрежением за его сложную догматику, дисциплину, обрядность и за упор на общественное богослужение. Широко распространялись секты, как завозимые с Запада, так и доморощенные. Масоном был Михаил Сперанский. Будучи семинарским преподавателем он заставил Санкт-Петербургскую духовную академию принять в качестве профессора еврейского языка и философии немецкого лютеранского пиетистского богослова и мастера петербургской масонской ложи Фесслера. Ректору Петербургской академии Филарету (Дроздову) удалось добиться удаления Фесслера; Сперанский перевел Фесслера в Московскую академию, начальство которой было менее влиятельно. После чего увольнения Фесслера добились розенкрейцеры, заявившие, что Фссслер - враг христанства. поскольку отрицает божественность Христа, признавая его только как учителя нравственности. Помимо масонов, иезуитов и розенкрейцеров распространены были также доморощенные секты хлыстов, скопцов, молокан и духоборцев, проповедовавшие совершенно открыто. Селиванов, глава запрещенной секты скопцов, жил открыто в Петербурге и беседовал несколько раз с Александром I на богословские темы. Быть сектантом, причем самым крайним, было выгодно. Молоканам, отказывавшимся от военной службы и не признававшим никаких правительств и государственных налогов, были подарены государством плодороднейшие земли в Новороссии (по 15 десятин на мужскую душу), в то время как законопослушные православные крестьяне оставались бесправными крепостными. Такие же отказчики от военной службы, немецкие менониты, могли не только создавать свои самоуправляющиеся земледельческие колонии в России, но и с неофициального разрешения голицынского Синода обращать в свою веру соседних русских крестьян. Все же эта обстановка способствовала духовному пробуждению. В обществе наблюдалось своеобразное богоискательство, хотя и сентиментальное, чуждое церковности. Продолжалось возрождение монашества, которое через три десятилетия начнет оказывать влияние на некоторые круги русского высшего света. Павел Пестель мечтал о том, как он после установления нового государственного порядка удалится в монастырь, чтобы умереть иноком.
Александровская эпоха не внесла ничего существенного в вопросы богословской мысли, религиозной философии, а тем более в разработку вопросов места национальной Церкви в государственном организме. В 1817 г. власти объединили управление Церковью и образованием в едином Министерство духовных дел и народного просвещения, называвшемся обычно Сугубым министерством. Главой его был назначен обер-прокурор Голицын, говоривший о себе как об универсальном христианине, признающем только религию, которая опирается на духовный опыт сердца. Отсюда его интерес к сектам, проповедовавшим второе рождение и опыты духовного пробуждения Что касается православной Церкви, то создание Сугубого министерства над Синодом означало понижение авторитета и сокращение полномочий архиереев, на новом посту Голицын сохранил за собой и обер-прокурорство. Фактическим органом голицынского псевдобогословия был «Сионский вестник», издававшийся учеником Шварца и Новикова Дабзиным - председателем розенкрейцерской ложи. Чтобы избежать полного отождествления с масонством и розенкрейцерством, Голицын держал при себе в качестве духовника архимандрита-обскуранта Фотия. Как Александр I и Голицын, Фотий выдвигал идею построения теократического государства, только понимали они эту идею по-разному. Результатом тесного сотрудничества Голицына и Фотия была строгая религиозно-нравственная цензура печати и образования. Известны пресловутые «реформы университетского образования и быта», инспектор университетов Магницкий успел провести только в Казанском университете, превратив студенчество в некие полумонашеские общины. Студенческие дортуары делились по этажам в соответствии с нравственным обликом студентов. Нравственно «здоровые» этажи молились за «падших», но не смели общаться с ними. На каждом этаже было тюремное помещение, куда отправляли на хлеб и воду осужденных университетской общиной студентов. Профессоров наказывали, если содержание лекций противоречили Библии в понимании Голицына-Фотия-Магницкого. Философия должна была опираться на Ветхий Завет, правоведение - на «Русскую правду» и т.д. Дружба и сотрудничество Фотия с Голицыным продолжались до 1824, пока Фотий не понял, что масонско-пиетистское богословие Голицына имеет мало общего с его «православным» богословием. Фотий добился встречи с императором, посылая ему письма апокалиптического характера, в которых пугал царя революционным духом пиетистских книжек Госнера. После беседы с Александром, не поняв, что религиозное мышление Александра сродни голицынскому.
Фотий очередной встрече с Голицыным не только отказался дать ему благословение, но проклял и предал его анафеме, продолжал писать царю, требуя закрытия Библейского общества, ликвидации Духовного министерства и изгнания его главы, Фесслера. Его поддержал митрополит Петербургский Серафим (Глаголевский). Это было связано с интригой Аракчеева, видевшего в Голицыне главного конкурента. 15 мая 1824 г. Голицын был уволен, Сугубое министерство упразднено. Показательно, что в 1818 автора книги «Разговор о бессмертии души над гробом младенца» Евстафия Станевича выслали из столицы и наказали цензора, одобрившего издание книги - архимандрита Иннокентия (Смирнова), ректора Петербургской духовной академии. Официальный предлог- аморальность темы смерти младенца, на деле - месть Голицына за косвенную критику в книге его Сугубого министерства и выпады против лабзинского «Сионского вестника». После отставки Голицына автор и цензор были оправданы, книга издана тиражом 2500 экземпляров и рекомендована Синодом как нравственно-назидательное чтение. Запрещена и реабилитирована книга была по личному распоряжению императора.
Заслугой голицынского министерства надо признать предпринятый под покровительством Библейского общества филиала Британского библейского общества, перевод на русский язык Священного Писания. Председателем Общества до отставки был Голицын, научный перевод с еврейских и греческих текстов делался профессорами и бакалаврами Петербургской академии, Одним из энтузиастов и переводчиков был молодой Филарет (Дроздов), будущий митрополит Московский. Филарет боролся и за переход семинарий и академий с латыни на русский язык, но удалось добиться только при Николае I. В 20-е гг было напечатано первое полное русское издание Нового завета с Псалтирью и Пятикнижие Ветхого Завета.
Однако назначенный новым министром народного просвещения престарелый адмирал Шишков повел борьбу против русской Библии. Он утверждал, что нет русского языка, а лишь славянский - возвышенный и вульгарный. И перевод Священного Писания на вульгарный диалект славянского является чуть ли не богохульством. А массовое издание его на таком .диалекте- еще больше принижает Писание; делает доступным в каждом доме. Листы священной книги начнут использоваться в качестве оберточной бумаги, непочтение поведет к распространению вольнодумства, ересей, атеизма. Особенно Шишков и митрополит Петербургский Серафим выступали против перевода Пятикнижия с еврейского оригинала, мотивируя это расхождением оригинала с церковнославянским текстом и отсутствием возможности проверить подлинность перевода. По их настоянию напечатанный перевод Пятикнижия был сожжен. Поддерживаемые Синодом Шишков и Серафим выступали и против филаретовского -Катехизиса-, из-за перевода молитв на русский язык и из-за того, что язык катехизиса (предназначенного для начальных школ!) близок разговорному. Катехизис удалось спасти только после восстановления церковнославянского текста молитв и архаизации русского текста учебника синодской комиссией. Закрытия ненавистного Фотию Серафиму и Шишкову Библейского общества и прекращения русского перевода Священного Писания они добились уже при Николае I, который распорядился непроданные экземпляры не уничтожать, а распространять среди заключенных. На пост министра просвещения в 1828 г. назначен князь К. К. Ливена, активного члена закрытого Библейского общества с первого дня его существования. Ливен принадлежал к секте Моравских братьев и, став министром, возродил Немецкое библейское общество в родной Прибалтике, но не Русское и не в остальной империи, министром просвещения которой он был по должности! Духовные нужды России ни министра, ни его царственного покровителя не интересовали. Полный русский перевод Корана был опубликован раньше перевода Библии. Раньше русского и с благословения Синода появились переводы Священного Писании на мордовский, татарский, алеутский. Противником русского перевода Библии был и Сперанский, который рекомендовал читать английский перевод.
Важным событием была реформа духовной школы 1808-1814 гг. В XVIII и начале XIX века духовные школы были лучшими учебными заведениями России. Они обеспечивали солидные знания в области классической культуры, философии, латыни, историографии и естественных наук. Большинство общественных, научных и государственных деятелей были воспитанниками духовной школы - от Ломоносова до председателя комиссии 1782 г. по созданию регулярной сети гражданских государственных школ графа П. В. Завадовского, от елизаветинского канцлера Безбородко до Сперанского. Созданная комиссией Завадовского Санкт-Петербургская педагогическая учительская семинария (зародыш Петербургского университета, позднее преобразованная в Педагогический институт) столкнулась с тем, что только ученики семинарий обладали достаточной академической подготовкой для успешного обучения в ней. По распоряжению правительства ежегодно определенное количество семинаристов направлялось в учительскую семинарию, и к 1801 г. из 400 ее выпускников более 300 были бывшими семинаристами. Большинство студентов всех русских университетов, существовавших при Александре I в приказном порядке набиралось из семинарий. Из 66 профессоров Московского университета в начале XIX века 22 были выпускниками семинарий, 33 иностранцами и 11 окончили русские гражданские школы или были воспитанниками домашних учителей. Правительственные постановления 1797 и 1803 гг. обязали семинарии поставлять ежегодно не меньше 50 студентов в Петербургскую медицинскую академию. Из 762 врачей, вышедших из академии в 1808-1822 гг.., более 700 были бывшими семинаристами. 75 % студентов правоведческих факультетов 1828-1876 гг. – бывшие семинаристы. Пока духовные учебные заведения выполняли функцию главной общеобразовательной школы Империи, правительство заставляло делать упор на общее образование. Когда Александр I завершил создание общегосударственной системы трехступенчатой гражданской школы, можно было подумать о придании духовной школе богословского направления. Этому-то вопросу была посвящена реформа 1808-1814 гг.
Создана была четырехступенчатая система: уездное духовное училище - школа грамотности с элементарным ознакомлением с церковнославянским языком и основами богословия; епархиальное училище, дававшее неполное среднее образование с богословским уклоном; шестилетняя семинария, дававшая среднее богословское образование, но по уровню знаний скорее неполное высшее учебное заведение. В ходе реформы было введено преподавание русского языка как особого предмета; больше внимания церковнославянскому и греческому языкам за счет сокращения латыни. Система завершалась духовной академией. Таковых теперь было четыре; две бывшие Славяно-греко-латинские (в Киеве и Москве) плюс две новые академии - Петербургская и Казанская. В академиях обучались отличники из выпускников семинарий - будущие архиереи, профессоры самих академий, преподаватели семинарий и гимназические учителя закона Божьего. С повсеместным распространением семинарского образования как почти обязательного условия рукоположения стала исчезать традиция избрания кандидатов в священники приходом, а в епископы - епархиальным съездом. При старой системе главными критериями избрания были (в нисходящем порядке): личное благочестие, нравственные качества, административные способности, образованность кандидата. При Петре приоритет получила формальная образованность, в связи с чем в начале XVIII века большинство епископов призывалось с Украины, из Киевской академии, поскольку Московская находилась в стадии становления. Были и политические факторы предпочтения киевского духовенства. Студенты академии принимали монашеский постриг не по призванию, а из карьерных видов на епископство, не окончив академии. Подлинного монашества и монашеского образа жизни большинство из них не вело, вызывая раздражение у белых священников.
Хотя преобразователям не удалось добиться перехода семинарий и академий с латинского на русский, было введено преподавание русского языка, русской литературы и русской истории, более интенсивно начали преподаваться греческий и церковнославянский. Началось вытеснение латыни: больше предметов стало преподаваться на русском. Языческий классицизм и другие светские предметы заменены изучением богословия и восточных Отцов Церкви. Хотя реформа была не идеальной, с нее началось проникновение подлинно православного святоотеческого богословия в официальную школу, чему содействовало монашеское возрождение старчества. В 1820 г изгнание из России иезуитов и закрытие их богословской академии и духовного центра, открытых в Полоцке в 1811 г. В то же время правительственная комиссия не удовлетворила просьбу митрополита Филарета об издании богословских учебников на русском языке. Комиссияпод влиянием Шишкою, ответила, что книги станут доступны простым смертным, которых они могут соблазнить в ереси. Латынь как предмет преподавания умирала, чему способствовала переориентировка семинарии в 30-е гг. на практические предметы, нужные деревенскому священнику: основы земледелия и медицины. К 40-м гг. богословская школа окончательно перешла на русский язык.
В то же время богословская школа становится сословной: со времени Петра духовенство и всевозможные церковнослужители должны были отправлять своих сыновей в семинарии, чтобы избавить их от вхождения в сословия, облагаемые налогами и рекрутскими поборами; после секуляризации церковных земель Церковь вынуждена ограничить размер своей школьной системы, из-за отсутствия средств принимая только детей духовенства и церковных служащих; духовные школы обеспечивали детей духовенства хоть какими-то бурсами, крышей над головой и питанием, а большинство духовенства было слишком бедным, чтобы позволить себе платное обучение своих детей в государственных, а тем более в частных школах. При этом к середине XIX века светские учебные заведения по уровню образования стали превосходить духовную школу, страдающую от недостатка средств после инфляции 20-х-ЗО-х гг. Семинариям не на что было приобретать новое оборудование, и зарплаты педагогов в семинариях и академиях к середине века составляли от 50 до 80 процентов от ставок в светских учебных заведениях, что способствовало оттоку самых талантливых учителей в светскую школу.