Великие реформы Александра II затронули и Церковь, хотя носили односторонний характер и основывались на предложениях не духовенства, а обер-прокурора графа Дмитрия Толстого. Он был одновременно и министром народного просвещения, приобретя власть над Церковью, которой не имели обер-прокуроры без министерского портфеля. В качестве министра просвещения Толстой прослыл крайним реакционером. Но в церковных делах Толстой проводил либеральные реформы в пользу приходского духовенства. Благодаря его и царского двора заступничеству священнику Беллюстину сошла с рук его революционная по отношению к епископату книга «Описание сельского духовенства в России». Толстой расширил права приходского духовенства в церковном управлении на местах, облегчил процедуру снятия священником с себя сана и последствия этого акта, расширил сеть церковноприходских школ и уровень преподавания в них, академический уровень семинарий, открыл выпускникам семинарий доступ в университеты, улучшил материальное положение духовенства. Причиной этих реформ была боязнь распространения атеизма как предвестника революции. Открывая семинаристам доступ в университеты, он надеялся усилить консерватизм студенчества. Укрепляя и поддерживая церковно-приходские школы, Толстой пытался замедлить рост земских школ, где учителями были радикалы-народники. Попытки расширить сеть церковно-приходских школ за счет части земского школьного налога не увенчались успехом, поскольку земцы предпочитали отдавать эти средства на развитие земской школы. Усиление приходского духовенства нужно для борьбы с епископатом и монашеством, в которых Толстой чувствовал стремление к обособлению и независимому от государства бытию Церкви. Он презирал преимущественно плебейский по происхождению епископат. Толстой допускал мужика в качестве батюшки, но не в качестве князя Церкви; поэтому он командовал Синодом грубо. Назначая синодальные комиссии для разработки реформ церковных училищ, он запросто распускал их, как только их предложения расходились с его планами. Первая комиссия предложила превратить семинарии в общеобразовательные гимназии с усиленным богословским профилем по сравнению с обычными. Они предназначались для детей духовенства без обязательства со стороны выпускников идти в богословские учебные заведения. Гимназии предлагалось подчинить Министерству просвещения при попечительстве со стороны местного епископа. Желающие посвятить себя Церкви выпускники церковных гимназий принимались бы в богословские институты с четырехлетним образованием. Туда же могли бы поступать выпускники обычных средних школ после сдачи зачетов по предметам элементарного богословия. И наоборот, двери университетов должны были быть открыты для выпускников церковных гимназий. Толстой отверг этот проект и провел реформу 1869 г., которая сохраняла старые семинарии, но с усилением богословских дисциплин, особенно в трех старших классах. Выпускник новой семинарии мог теперь поступать в университет. Положительный побочный продукт толстовской реформы - ежегодные епархиальные съезды духовенства, вызванные незначительностью отклика земств на возросшие финансовые нужды реформированной духовной школы. Главной целью этих съездов стало изыскивание дополнительных источников внутреннего финансирования: богатые церковные общины облагались дополнительным налогом Средства шли на расширение сети церковных школ, особенно женских, на повышение оплаты педагогов, необходимое для привлечения квалифицированных преподавателей, на улучшение бытовых и культурных условий студенчества и школьников. Но семинаристы оказались радикальнее мирских студентов и их приток радикализировал ВУЗы. Семинаристы ринулись в ВУЗы, епископы жаловались на сокращение кандидатов в священники. Пользуясь возможностями получения стипендий и бесплатного образования в семинариях, их заполняла молодежь,не имевшая намерения принимать сан. В 1879 Толстому пришлось провести контрреформу: закрыть семинаристам свободный доступ в университеты - они теперь должны были сдавать весьма сложные вступительные экзамены, а детям не из духовных семей - в семинарии; последние принимались в семинарии только с обязательством принять сан после окончания. Элемент принудительности отрицательно сказался на нравственном климате в духовной школе. Семинарские моления в храме перед и после вкушения пищи, были для многих формальны; многие семинаристы были атеистами, либо прохладными христианами, не собиравшимися рукополагаться: дети духовенства не должны были давать обязательства о принятии сана: их родители не имели средств для выбора между церковной и государственной школой. Будь у них выбор, многие не пошли бы в семинарии, а их места заняли бы глубоко верующие юноши из светских семей. И тогда дух в семинариях был бы совсем другой. Большинство семинаристов были детьми сельских батюшек - бедняков с большими семьями. Когда дети выросли и их надо было отправлять в город на учебу, а денег не было, попам приходилось унижаться перед кулаками, просить у них помощи, а за это кормить и поить их, и речи не могло быть об укорах в проповедях. Дети краснели за отца, а христианскоевоспитание детей духовенства развивало в них обостренную реакцию на социальную несправедливость.
Поэтому разночинцы радикалы, революционеры интеллигенты были в XIX веке преимущественно выходцами из духовных семей, семинаристами или бывшими семинаристами.