На предполагавшуюся весеннюю сессию отложено было рассмотрение вопросов:
1. Об учреждении Патриаршей палаты церковного искусства;
2 Об основных положениях Библейского совета при Высшем церковном управлении (ВЦУ);
3. Об устройстве Православной Церкви в Финляндии:
4. О Грузинской Церкви:
5. О церковно-издательском отделе;
6. Об уставе устройства церковного суда и судопроизводства;
7. О расторжении освященных Церковью браков;
8. Об уставе православных академий и о высшей церковно-богословской школе;
9. О старом и новом календаре для Церкви;
10. О внешкольном религиозном просвещении народа;
11. О правовом положении духовенства в русском государстве;
12. Об образовательном цензе русского духовенства;
13. О восстановлении чина дьякониц.
Предстояло рассмотреть 23 доклада, представленных 23 отделами Собора, которые и разрабатывали проекты определений и постановлений, вносимых затем на пленарные заседания. Был среди них Отдел богослужения, проповедничества и храмов, который выполнил задачу по разработке определения о проповедничестве и подготовил доклад о календаре и которому предстояло разработать тему о литургических реформах, в том числе и по вопросу литургического языка. В 1919 г. - самый разгар гражданской войны и террора - не до Собора. Собор перед роспуском поручил патриарху составить завещание с именами возможных наследников на случай чего. Завещание предполагалось использовать в случае, если созвать поместный Собор было бы невозможно. Этим же постановлением патриарху дано право управлять Церковью единолично, если не будетвозможности собирать Синод и Высший церковный совет.
В гражданской войне Собор и патриарх пытались быть нейтральными, признавая правительство и существующую власть за данность. Во время восстания московских юнкеров 15 ноября Собор обратился к обеим воюющим сторонам с призывами не проливать крови, быть милостивыми к побежденным. 24 ноября Собор постановил отпевать по-церковному жертв обеих сторон. Принимая соборное решение служить панихиду по царю, как сыну православной Церкви, патриарх отказался дать благословение вождям белого движения. 8 октября 1919 г. патриарх и его Синод в послании объявили о гражданской лояльности Церкви новой власти. Послание появилось в момент максимального успеха деникинцев, подошедших к Туле. Оно категорически запрещало духовенству встречать белых колокольным звоном и благодарственными молебнами. Указывая, что поскольку советским декретом Церковь отделена от государства, ее руководство не несет ответственности за граждански выбор отдельных священников и мирян, патриарх поминал, что нет власти кроме как от Бога. За время гражданской войны патриарх сделал четыре заявления, в той или иной степени осуждавшие коммунистическую власть: анафематствование 19 января 1918 г. всех кто проливает невинную кровь (есть призыв образовывать союзы и братства защиты Церкви - физической силе противопоставить духовную силу и веру); осуждение Брестского мира; послание Ленину к первой годовщине советской власти с укором в братоубийственной войне. В малоизвестном послании патриарха от 21 июля 1919 г., в котором, наряду с повторным осуждением большевистского института заложничества и «гор трупов», осуждаются еврейские погромы, которые происходили на территориях, занятых белыми и петлюровцами. В этих посланиях он признает советскую власть «нашим правительством» и пользуется лишь традиционным правом патриаршего печалования.
В эпоху «военного коммунизма» духовенство причислено к лишенцам, то есть обрекалось на голодную смерть, если бы не союзы верующих, которые обеспечивали духовенству питание, жилища, невооруженную охрану. В числе первых жертв террора среди духовенства был митрополит Киевский Владимир, убитый 26 января 1918 г. кучкой бродячих матросов при полной пассивности братии Киево-Печерской лавры, где он жил. Такое отношение было вызвано крайним антиукраинизмом митрополита. Между июнем 1918 и январем 1919 гг. убито 19 архиереев, 102 приходских священника, 154 дьякона, 95 иноков и инокинь; а к 1921 г. за Церковь погибло больше 12 тысяч мирян, несколько тысяч приходского духовенства и монашествующих и 28 архиереев, в том числе Гермоген Тобольский, убитый за то, что возглавляя крестный ход, благословил дом, в котором была заключена царская семья.