Для забезпечення надходжень платежів до бюджету в кожній державі створюються спеціалізовані органи. Кількість та компетенція таких органів, їх підпорядкованість і структура залежить від ряду факторів: державного устрою, специфіки бачення проблеми впливовими політичними силами та їх лідерами, історичних традицій тощо.
Провідне місце серед таких органів займає податкова служба. Організаційно податкова служба може мати статус самостійного державного органу (Польща, Китай, Російська Федерація, Україна), або перебувати у складі інших державних органів управління, як правило, Міністерства фінансів (США, Німеччина, Франція та інш.).
В Україні такі спеціалізовані органи, які відають питаннями наповнення бюджетів та державних цільових фондів, підтримання податкової дисципліни серед платників, називають контролюючими органами. Контролюючі органи - це державні органи, які в межах визначеної законодавством компетенції здійснюють контроль за своєчасністю, достовірністю, повнотою нарахування податків і зборів (обов'язкових платежів) та погашенням податкових зобов'язань чи податкового боргу.
Вичерпний перелік контролюючих органів стосовно податків та внесків до цільових державних фондів вперше встановлений Законом України "Про порядок погашення зобов'язань платників податків перед бюджетами та цільовими державними фондами". Контролюючими органами є:
- митні органи- стосовно акцизного збору та податку на додану вартість (з урахуванням випадків, коли законом обов'язок з їх стягнення або контролю покладається на податкові органи), ввізного та вивізного мита, інших податків і зборів (обов'язкових платежів), які відповідно до законів справляються при ввезенні (пересиланні) товарів і предметів на митну територію України або вивезенні (пересиланні) товарів і предметів з митної території України;
- органи Пенсійного фонду України - стосовно збору на обов'язкове державне пенсійне страхування; органи фондів загальнообов'язкового державного соціального страхування - стосовно внесків на загальнообов'язкове державне соціальне страхування, у межах компетенції цих органів, встановленої законом;
- податкові органи - стосовно податків і зборів (обов'язкових платежів), які справляються до бюджетів та державних цільових фондів.
Контролюючі органи мають право здійснювати перевірки своєчасності, достовірності, повноти нарахування та сплати лише стосовно тих податків і зборів (обов'язкових платежів), які віднесені до їх компетенції цим пунктом. Порядок контролю з боку митних органів за сплатою платниками податків податку на додану вартість та акцизного збору встановлюється спільним рішенням центрального податкового органу та центрального митного органу. Інші державні органи не мають права проводити перевірки своєчасності, достовірності, повноти нарахування та сплати податків і зборів (обов'язкових платежів), у тому числі за запитами правоохоронних органів.
Органами, уповноваженими здійснювати заходи з погашення податкового боргу, є виключно податкові органи, а також державні виконавці у межах їх компетенції.