Провідне місце в системі управління оподаткуванням займають органи податкової служби. В Україні податкову службу створено у відповідності із Законом України від 4 грудня 1990 року "Про державну податкову службу в Україні”. До цього часу функції наповнення бюджетів виконували відповідні підрозділи Міністерства фінансів та фінансових органів на місцях. Становлення податкової служби супроводжувалось численними законодавчими експериментами в частині визначення її підпорядкування та кола повноважень.
Відповідно до Указу Президента України від 22 серпня 1996 року проведена чергова реорганізація податкової служби. На базі податкової інспекції та служби боротьби з кримінальним приховуванням прибутків від оподаткування з 1 листопада 1996 року створено Державну податкову адміністрацію України та податкові адмшістрації (інспекції) на місцях.
Із моменту реорганізації податкової служби низова ланка була представлена податковими інспекціями у містах обласного підпорядкування та податковими інспекціями адміністративних районів (включаючи внутріміські). В процесі подальшого організаційного вдосконалення створюються міжрайонні та об'єднані інспекції, а також інспекції з обслуговування великих платників податків.
Міжрайонні інспекції створені на базі податкових інспекцій двох або більше невеликих адміністративних районів в межах однієї області. При цьому переслідувались цілі економії витрат на утримання податкового органу та забезпечення більшої незалежності керівників міжрайонних інспекції від можливого тиску з боку органів місцевої влади.
Об'єднані інспекції утворені для обслуговування платників, розміщених та території міста обласного підпорядкування та приміського адміністративного району.
Для поліпшення роботи із платниками, які мають найбільше значення з огляду наповнення бюджетів та економіки регіонів, у великих індустріальних обласних центрах створені інспекції з обслуговування найбільших платників податків. Критерії для віднесення платників до категорії найбільших розробляються та періодично переглядаються центральним податковим органом. При цьому враховується не тільки обсяг сплачених платежів, але й інші економічні результативні показники: обсяг доходів, отримані відшкодування із бюджетів тощо.
У складі податкових органів усіх рівнів створені базові структурні підрозділи, на які покладається завдання забезпечення надходжень основних платежів. Для прикладу, в апараті Державної податкової адміністрації України функціонують Головні управління оподаткування юридичних та фізичних осіб, Департамент акцизного збору, які організовують роботу податкових органів держави в частині мобілізації відповідних платежів, нормативно та методологічно забезпечують їх адміністрування. Організацію виїзних документальних перевірок платників з питань дотримання законодавства про оподаткування покладено на Головне управління податкового аудиту.
Структура регіональних податкових адміністрацій, податкових інспекцій на місцях визначається з врахуванням обсягу роботи, за оптимального поєднання критеріїв чисельності апарату та затрат на його утримання. Із-за обмежених ресурсів, в низових податкових інспекціях із невеликою кількістю платників вузькоспеціалізовані підрозділи не створюються. Адміністрування усіх платежів в таких інспекціях здійснюється, як правило, відділами оподаткування юридичних та фізичних осіб.
Поряд із галузевими підрозділами оподаткування, для забезпечення всього комплексу робіт з адміністрування податків, у складі податкової служби функціонують і ряд допоміжних структур - підрозділи правового забезпечення, обліку і звітності, економічного аналізу, комп'ютеризації тощо.