Для недопущення дублювання та паралелізму в роботі з метою підвищення ефективності функціонування контролюючі органи координують свої дії. Між контролюючими органами практикуються такі форми співпраці:
- обмін інформацією, документами та матеріалами, необхідними для виконання законодавче визначених функцій;
- підготовка пропозицій щодо змін у чинному законодавстві про оподаткування;
- проведення спільних контрольних акцій;
- обмін досвідом контрольної роботи;
- проведення спільних конференцій, колегій, семінарів, інших заходів для обговорення та вирішення питань, що становлять спільний інтерес;
- підготовка спільних наказів з окремих питань адміністрування податків і внесків до державних фондів;
- підготовка спільних аналітичних довідок про злочинну діяльність у сфері спільних інтересів.
Координація контрольної роботи здійснюється на стадії формування та узгодження щорічних планів-графіків планових виїзних перевірок, прийняття спільних рішень щодо доцільності проведення позапланових перевірок. Під час узгодження термінів проведення перевірок пріоритетними вважаються терміни, визначені податковим органом.