Этот тип номенклатуры возник позже, чем тривиальная. Он дает возможность называть только достаточно простые органические соединения. Рациональные названия подчеркивают принадлежность соединения к тому или иному классу органических веществ.
За основу берется название простейшего представителя класса (родоначальника гомологического ряда) по тривиальной номенклатуре или функциональной группы.
Первыми в названии перечисляются радикалы, связанные с выбранной основой, в порядке от простых к сложным. При необходимости указывается их количество при помощи приставок: ди-, три-, тетра- и т.д.
Положение заместителей у выбранной основы указывают буквами латинского алфавита или словами «симметричный» (симм), «несимметричный» (несим), орто- (о-), мета- (м-), пара- (п-), буквами N-(у азота), О- (у кислорода) и т.д.
Названия радикалов в рациональной номенклатуре в подавляющем большинстве совпадают с номенклатурой ИЮПАК: