В ряде систем электронной почты сохраняются копии каждого посланного сообщения. Возможно автоматическое сохранение и каждого полученного сообщения.
Средства архивирования позволяют выбрать, какие сообщения следует сохранить, а какие удалить. Архивирование может сопровождаться сжатием всех сохраняемых сообщений для уменьшения количества занимаемой ими дисковой памяти.
Многие пакеты позволяют использовать метафору шкафа с папками, распределяя сообщения по папкам. Например, создаются папки «Личные сообщения» и «Результаты маркетинга». Такой шкаф с папками располагается либо на файловом сервере (главном компьютере сети), либо на жестком диске вашего компьютера. Некоторые папки общедоступны и аналогичны доскам объявлений. Можно создавать иерархическую структуру папок (папки в папках), удалять их, переименовывать или изменять их содержимое.
Программное обеспечение электронной почты позволяет создать для вас шкаф с папками в собственной базе данных. В некоторых случаях системы электронной почты используют файловую систему операционной системы, где для каждой папки создается свой каталог. Это позволяет обращаться к сообщениям из других прикладных программ.
Пакеты электронной почты с расширенными возможностями позволяют хранить связанные сообщения. Последовательность сообщений запоминается в формате, имитирующем диалог. Если, например, клиент обратился к вам два месяца назад, то можно просмотреть всю переписку с ним, включая его первое письмо, ваш ответ, его ответ на ваш ответ и так далее.
После сохранения сообщения могут быть отсортированы и (или) найдены по набору признаков. Сообщения выбираются в зависимости от имени отправителя, темы, даты, времени отправления сообщения, определенного ключевого слова или же осуществляется контекстный поиск по тексту всех сообщений для нахождения определенного слова или фразы.