Метою побудови функціональної структури на першому етапі інженерно-екологічних досліджень є визначення структурних одиниць, що перебувають у взаємодії, і головним фактором тут служить установлення наявності між ними обміну речовиною, енергією або інформацією.
Мета побудови структури на другому етапі полягає у виділенні структурних одиниць, що чинять вплив (виробництва) і що сприймають цей вплив (господарства невиробничої сфери і населення).
Третій етап ставить метою виявлення структурних одиниць, що спричиняють дію (джерела дії) і що сприймають її (природні компоненти і елементи).
Завершується побудова виділенням структурних одиниць, у яких проявляються наслідки дії.
Наведений методологічний підхід є загальним при вивченні структури й функціонування ППС.
Головним фактором з методологічної точки зору при побудові функціональної структури нообіогеоценозу є характер функціонування нооценозу і в першу чергу специфіку засобів праці. Наприклад, якщо на даній території побудовані шахти, то основним процесом в діяльності шахт буде видобуток та переробка корисної копалини, що і визначає ступінь зміни природних компонентів.
Продукт праці визначається характером виробництва, ступенем розвитку засобів праці і потребами суспільства. Продукт праці містить як готову продукцію, так і відходи та викиди виробництва у твердому, рідкому й газоподібному стані. Характер розподілу продуктів праці в просторі обумовлений не лише властивостями самого продукту, але й структурними особливостями і властивостями природних компонентів нообіогеоценозу.
Функціональна структура ППС може бути представлена у вигляді блок-схеми або карти-схеми.