І- дегідрування субстратів - продуктів розпаду білків, жирів та вуглеводів за участю дегідрогеназ, які містять кофермент НАД*, НАДФ+ (вони є акцепторами водню), наприклад:
ІІ - акцептором атомів водню є група флавінових ферментів(містять коферменти ФМН і ФАД), наприклад:
ІІІ - акцептором водню є убіхінони (коензим Q), наприклад:
IV - з коензиму Q іони водню переходять у навколишнє середовище, а електрони поступають на цитохромну систему, яка складається з оксидоредуктаз, у яких лебідковою часткою є залізопорфірини.У цитохромній частині є фермент цитохромоксидаза,який переносить електрони з коензиму Q на кисень, останній, сполучаючись з іонізованими атомами водню, утворює воду, наприклад:
Під час клітинного дихання крім водиутворюється СО2 і виділяється енергія.
Загальний вигляд дихального ланцюга мітохондрій та комплексів І, II, Ш, IV, які переносять електрони: