В 1551 г. состоялся церковный собор, получивший название Стоглавого, так как принятое им постановление состояло из ста глав. Инициаторами созыва этого собора выступили митрополит Макарий и Иван Грозный. При этом каждый из них преследовал свои цели: Митрополиту Макарию он необходим был для того, чтобы, вскрыв недостатки, существовавшие в различных сферах жизнедеятельности церкви, добиться установления порядка и благочиния в ней. Царь с помощью собора надеялся серьезно ограничить церковное землевладение. Однако секуляризационные планы Ивана Грозного не осуществились полностью. Стоглавый собор поставил точку в длительном споре иосифлян и нестяжателей. Победа досталась иосифлянам. Собор подтвердил неприкосновенность церковно-монастырского землевладения, но в то же время принял постановление, запрещавшее церкви покупать и получать в дар земли без санкции царя: земли, приобретенные после 1533 г., церковь была обязана вернуть прежним владельцам. Собор утвердил список общерусских и местночтимых святых, составленный Макарием, единые культы и обряды, общие каноны церковной живописи.
Таким образом, в конце 40-50-х гг. XVI в. подверглись реформированию все сферы жизни общества и государства. Реформы проведенные в этот период, носили комплексный характер. Основными идеями, лежавшими в основе процесса реформирования были ограничение экономического и политического могущества боярства, расширение и укрепление слоя дворянства, усиление центральной власти, централизация управления страной. Реформы означали формирование Русского сословно-представительного государства. При этом подразумевалось и осуществлялась на практике разумное равновесие в распределении власти между рядом сословий (Земские соборы), правительством (Избранная Рада) и царем. Для утверждения этой системы необходимо было время. В силу ряда обстоятельств равновесие властных структур стало неустойчивым уже в первой половине 50-х годов.