Существенные изменения произошли в организации вооруженных сил государства. В I550 г. на время военных походов было ограничено местничество. В том же году в Московском уезде была «испомещена» «избранная тысяча» – 1070 дворян, которые представляли собой нечто вроде царской гвардии и основы дворянского ополчения.
В 1556 г. было издано «Уложение о службе», регламентировавшее военную службу служилых людей «по отечеству». Служилыми людьми «по отечеству», то есть по знатности, происхождению, называли бояр и дворян, из которых состояло ополчение.
Служба начиналась с 15 лет и передавалась по наследству. В качестве вознаграждения за службу дворянин получал оклад от 150 до 450 десятин земли, а также денежное жалованье от 4 до 7 руб. в год. С каждых 150 десятин дворянин должен был выставлять одного полностью экипированного, вооруженного воина на коне, то есть являться на службу «конно, людно и оружно».
Иван впервые на Руси начинает формировать постоянное войско. Его ядром служат стрельцы, которые впервые упоминаются в 1552 г. в связи с походом на Казань. Это был совершенно новый тип вооруженных сил: стрельцы набирались из свободных людей и должны были служить всю жизнь. Вооруженные и экипированные по западноевропейскому образцу огнестрельным оружием – пищалями, они составляли ударное подразделение московского войска. Появляется пехота. Первые пушки были привезены из-за границы. При Иване III их стали отливать в Москве. По свидетельству английского посла Джиля Флетчера, ни один христианский государь той эпохи не имел такой могучей артиллерии.
Новая организация войска, непосредственно и крепко зависимого от центральной власти, давала царю новые возможности усиления самодержавного могущества. Теряя свое значение в армии, боярство утрачивает свое государственно-политическое значение. Возрастает роль среднего и мелкого служилого землевладения.