Физиологические механизмы неспецифической защиты включают температуру тела, рН и напряженность кислорода в районе колонизации микроорганизмами. Так, со времен Луи Пастера известна невосприимчивость кур к возбудителю сибирской язвы, обусловленная достаточно высокой нормальной температурой их тела (41-42°С), при которой возбудитель не способен размножаться. В качестве примера еще одного физиологического механизма неспецифической защиты выступает очень высокая кислотность желудочного сока, оказывающая губительное действие в отношении большинства бактерий. Наряду с желудочным соком, в составе которого секретируется соляная кислота, обуславливающая высокую его кислотность, во многих жидкостях, вырабатываемых организмом, также содержаться бактерицидные компоненты (например, спермин и цинк в сперме, лактопероксидаза в молоке, лизоцим (представляет собой фермент b-муромидазу, расщепляющий гликопртеидные компоненты клеточной стенки бактерий) в секрете большинства слизистых оболочек).