Через несколько часов с момента внедрения бледных трепонем в кожу или слизистую оболочку они попадают в лимфатические и кровеносные пути и быстро распространяются по всему организму. Лимфатическая система служит основным путём передвижения трепонем и местом их наиболее интенсивного размножения.
Несмотря на быстрое распространение возбудителя в организме, клинические проявления болезни сравнительно долго отсутствуют.
Инкубационный период составляет 20 - 40 дней (в среднем 32 дня).
Факторы, влияющие на продолжительность инкубационного периода:
| Факторы, укорачивающие инкубационный период | Факторы, удлиняющие инкубационный период |
| Проникновение в организм большого количества трепонем (множественные и биполярные твёрдые шанкры) | Старческий возраст |
| Сопутствующие хронические заболевания | |
| Интоксикации | |
| Заражение от больного третичным сифилисом | |
| Одновременное заражение мягким шанкром | |
| Лечение препаратами группы имидазола и мышьяка | |
| Лечение кортикостероидами | |
| Лечение небольшими дозами антибиотиков |
Больные, находящиеся в инкубационном периоде, могут быть заразны (инфекция передается, например, при прямой гемотрансфузии).