Кожен тип ділового стратегічного альянсу має різну модель координації і контролю взаємозв'язків і інформаційного обміну між учасниками, обумовлену специфікою сфери діяльності, цілей співробітництва, терміну дії, забезпеченості ресурсами і вартості. Найбільшу ефективність дає модель багаторівневого прийняття рішень, що передбачає регулярні зустрічі топ-менеджерів, членів рад директорів, координаційних комітетів, оперативних комітетів і комітетів з окремих проектів. З метою ефективного управління альянсами рекомендується диференціація стилю управління, адаптуючи його до кожного альянсу; постійне узгодження інтересів учасників, чіткий розподіл повноважень і відповідальності персоналу, організація і контроль вірогідності інформаційних потоків усередині альянсу з метою усунення ефекту «зіпсованого телефону», вживання ефективних заходів для контролю за результатами, у тому числі і фінансовими, роботи альянсу.
Організаційна структура координації і контролю за діяльністю альянсу в сучасний період, коли кожна фірма має не один десяток альянсів, трансформується від жорстко централізованої системи, коли усі функції управління знаходяться в руках невеликий, високо компетентної команди фахівців, що прекрасно володіють навичками ведення складних переговорів, підготовки багатобічних контрактів і рамкових угод, проведення широкомасштабних фінансових розрахунків, до широкої і розгалуженої децентралізованої системи з передачею повноважень спеціалізованим групам координації, заснованої на роздільному керівництві окремими проектами і напрямками с використанням новітньої техніки, систем зв'язку, компетенції і професіоналізму більш широкого кола співробітників.
Найважливішої складовою діяльності альянсу є оцінка ефективності його роботи, хоча це і являє собою дуже складну задачу. Для її рішення координаційні підрозділи визначають збалансовану систему оцінок, що включає кількісні (фінансові й економічні) і якісні показники. При цьому здійснюється строгий облік додаткових вигод, що одержує кожна зі сторін, що беруть участь в альянсі.