Методологія не є суцільною наукою і має прошарковий характер. Найбільш загальний характер має філософська методологія. Її альтернативні підходи — метафізика й діалектика. Там, де мова йде про сталість, повторність процесів, де є факти переліку механічного утворення, там використовується метафізика, а в ній — формальна логіка, яка чітко дає відповідь на питання — «Так» чи «Ні». Такими методами користуються обчислювальна математика, бухгалтерський облік, статистика тощо. Де є рух, динаміка, стрибки й переходи, наприклад у явищах кризового стану, інфляції, гіперінфляції, маргіналізації, ризику, там використовуються методи діалектичної логіки.
Другий ешелон методології — це загальнонаукова методологія, яка включає у себе й елементи діалектики, й елементи метафізики, тобто формальної логіки. Ця методологія об’єднує такі методи, як індукція та дедукція, аналіз і синтез, зв’язок логічного з історичним тощо. Розробка проблем методології як науки обумовлена необхідністю вдосконалення наукою своєї власної природи, розробки принципів і методів, що лежать в основі пізнання дійсності та відтворення її у мисленні в абстрактних формах.
У зв’язку з розширенням теорії виникає потреба створювати спеціальну «надбудову» — метатеорію. Для конкретних економічних наук такою метатеорією є політекономія або, як її зараз називають, «теорія макроекономіки». В теорії інформатики поряд з існуванням різних спеціальних мов існує теорія метамови. Для різних видів бухобліку існує загальна теорія бухобліку, яка своєю методологічною основою має розробку балансової системи обліку, і т. д.
У третьому ешелоні методології знаходиться методологія конкретного предмета, наприклад, у бухобліку, в статистиці, математиці і т. д. Так, у математиці досить широко використовується метод індукції, аксіоматичний метод, метод формалізації тощо. У соціальній статистиці — метод групування, метод індексації.
Усі ці види методологій тісно взаємопов’язані, і немає рації їх роз’єднувати, а тим більше протиставляти. Метатеоретичною повинна бути загальнофілософська методологія, яка тісно пов’язана із світоглядними принципами.