Декарт вірив у Бога як досконалу істоту, існування якої він ніколи не ставив під сумнів. Якби не було Бога, тоді він не був би досконалим. Оскільки людина є недосконалою істотою, а із недосконалого не може вийти щось досконале, то Бог існує за межами людської уяви. Отже, існування Бога є джерелом об'єктивного значення людського мислення. А оскільки Бог у своїй досконалості не обманює людину, а дає їй можливість пізнання, не може бути обманом те, що людина має тіло,природа існує, а 2 плюс 2 дорівнює 4. Неправильні сприйняттяспричинені тим, що Бог наділяє нас свободою, одне називати правильним, а друге — неправильним, що і є доказом нашої богоподібності. Таким чином Декарт ставив світ на метафізичний фундамент.
Декарт був противником аристотелізму, як, між іншим, і Гоббс, його конкурент. Тому він відкидав телеологію, заміняючи її накаузалістику, створюючи таким чином підґрунтя для механіки. У механічному світі, подібному до годинника, Бог є основноюпружиною, рушієм. Після приведення світового механізму в рух розвиток Всесвіту визначається самостійно. Декарт також відкидав органіку Аристотеля, вважаючи людське тіло машиною із кінцівками, які взаємодіють із мозком через рефлекторний акт. Дух є королем тіла. Проте, в аристотелівському дусі він визначає душу, яка має здатність до мислення та волю, що утворює різницю між трупом та живою людиною.
В основі філософії Декарта дуалізм душі та тіла. Декарт поділяє буття на світ об'єктів («рес екстенсе») та світ думок («рес когітанс»). «Рес екстенсе» є фізичним тілом, об'ємним, його можна розділити, розрушити, воно підлягає правилам каузальності. А «рес когітанс» не має об'єму, неподільний, але має мислення. Дух, який належить до останнього, є суб'єктом пізнання, який стоїть перед об'єктивним світом. Проблему дуалізма — поєднання цих двох постатей / царств Декарт не зміг вирішити . Її вирішує, зокрема, Спіноза, який висовує тезу «психофізичного паралелізму», відповідно до якої співвідношення між духом та тілом базується на тому, що обидві є формами явищ однієї й самої субстанції, які поводять себе паралельно одна до одної.
Субстанція за Декартом є щось, що існує й не потребує нічого іншого для свого існування. Бог є в цьому сенсі єдиною субстанцією. Він також вважає матеріальні речі та душу субстанціями, оскільки вони зумовлені тільки існуванням Бога.