Засновником емпіричної традиції у філософії Нового часу є Ф. Бекон, який усвідомив важливість наукового знання для влади людини над природою. Йому належить відомий вислів «Знання — це сила». Головні свої зусилля Бекон спрямовував на пошук методу наукового пізнання. Цій проблемі присвячена його основна праця «Новий Органон», яку він свідомо протиставив старому «органону» (методу) Арістотеля. Розвитку науки, на думку Бекона, перешкоджають схоластика з її догматизованим Арістотелем і різноманітні забобони, ухили розуму («ідоли», «привиди»), які, подібно до викривленого дзеркала, спотворюють справжній стан речей. Тому потрібно виявити і викорінити ці «привиди» (роду, печери, розуму, площі), «очистити» від них розум. Цей пошук «чистого суб'єкта», «чистої свідомості» зумовлений гносеологічним протистоянням суб'єкта і об'єкта, що виникло в науці та філософії Нового часу.
Критика «привидів» була першою, але далеко не останньою спробою філософії Нового часу виявити суто гносеологічний суб'єкт (пізнавальний аспект людської діяльності) і відокремити його від оцінювального та практичного суб'єкта (від інших видів діяльності людини). У певних межах таке прагнення необхідне і корисне, але згодом було з'ясовано, що деякі оцінки і практичні настанови внутрішньо притаманні самому науковому пізнанню.
Всупереч дедуктивному методу, який був головним у вченні Арістотеля, у схоластиці, Бекон запропонував метод індукції, доповненої пошуком негативних випадків. Дедукція — це хід думки від загального (поняття, аксіоми) до одиничного. В індукції думка рухається навпаки, від одиничного до загального. Наприклад, фіксуючи, що кожний конкретний метал (залізо, мідь та ін.) — електропровідник, можна дійти висновку, що «всі метали — електропровідники». Недолік індукції полягає в тому, що вона рідко буває повною. Як правило, висновок робиться на основі переліку обмеженої кількості предметів даного класу, що породжує курйози типу: «всі лебеді білі».
Бекон усвідомлював слабкість і поверховість індукції. Тому для посилення її він пропонував шукати «негативні випадки», які суперечили б основній масі фактів. Так, шукаючи «форму», тобто причину теплоти, він склав таблицю різних явищ, де присутня була теплота, і близьких до них, де її не було, зробивши висновок, що «формою» теплоти є рух дрібних часточок. Не обмежуючи пізнання індуктивними висновками, він визнавав і дедукцію — рух від загальних індуктивних висновків до фактів. Загальні, отримані через індукцію судження, на його думку, слід перевіряти фактами, зокрема експериментом.
Бекон вірив, що чуттєвий досвід є джерелом загальних ідей. Недоліком його методу була недооцінка ролі математики в новому природознавстві, провісником якого він був.