На XVI-XVII вв. приходится расписание феодальных отношений и становления буржуазного общества. Вместе с буржуазными преобразованиями происходят изменения в сознании, что проявляется в новом видении места человека в мире и истории. Важную роль в становлении нового мировоззрения сыграл переход от теоцентрического мировоззрения к антропоцентрической и механистического, ярко выразилось в учении гуманизма и формировании первой научной картины мира. Идеалом гуманизма выступает всестороннее и гармоничное развитие свободной личности, что предполагает свободу воли и совести. Философия начинает всячески поднимать значимость земной жизни человека, настаивать на ее творческом назначении в этом мире. Религия постепенно начинает пониматься как сфера, ведающий человеческой нравственностью. Общечеловеческие ценности стали мерилом социального бытия. Это стимулировало теорию и практику антиклерикализма, приводило к секуляризации (освобождение от диктата церкви) общества, распространяло идеи свободы вероисповедания.
Реалии буржуазного общества требовали проведения изменений в религиозной жизни. Под этим лозунгом в Европе возникает массовое религиозное движение Реформации, имел отчетливую антикатолическую направленность. Началом Реформации стали Виттенбергского тезисы (1517 г.) немецкого монаха, доктора теологии Мартина Лютера, в которых свобода совести была связана с требованием свободной проповеди и беспрепятственного распространения Священного Писания. Томас Мюнцер, возглавивший борьбу крестьянских масс за политические и социальные реформы, требовал равенства всех перед Богом и даже всех на земле, а также провозглашал, что человек должен иметь свободу выбора вероисповедания.
Исторической заслугой Реформации можно считать появление в жизни общества понятия "свободы вероисповедания" в форме свободного выбора верующим одной из религиозных конфессий. Деятели Реформации также продолжили Библиезнавчу деятельность, поскольку отказались признавать каноническими писания Св. Отцов, а существующие переводы Библии считали неточными, недостаточно проверенными.
Свободная мысль эпохи Возрождения была тесно связана с достижениями в области естествознания, которые открывали новые горизонты в постижении тайн мироздания. Особое место здесь принадлежит польскому астроному и мыслителю М.Копернику (1473-1543 гг), который в работе "О вращении небесных сфер" выдвинул идею гелиоцентризма, которая отвергала геоцентрическую традицию Аристотеля-Птолемея. Дальнейшего развития гелиоцентрическая теория получила в творчестве Джордано Бруно (1548-1600 гг), который первым высказал идею о бесконечности природы и бесконечном множественности миров во Вселенной, их динамическое единство и вечность. Руководствуясь принципами пантеизма, Бруно отождествляет движение и материю, природу и мировую душу (Бога). Признавая позитивность религиозного влияния на людей, он отрицал догматическое авторитарное вмешательство церкви в вопросы философии и науки, в проблемы общественных отношений. Будущее человечества, замечал Дж.Бруно, связано с "религией разума", которая должна занять место "религиозного прозрения".
Гелиоцентрическая система М.Коперника получила нового подтверждение в трудах Галилео Галилея (1546-1642 гг.) Его астрономические открытия (горы на Луне, пятна на солнце, спутники Юпитера, фазы Венеры и т.д.). Доказывали верность предсказаний древнегреческого философа Анаксагора о единстве земных и небесных явлений. Г.Галилей развил новую методологию науки, которая базируется на экспериментах, отойдя при этом от старых традиций естествознания. Томас Гоббс (1588-1579 гг), признавая ум за единую, надежную основу познания, преодолевает теорию "двойной истины", критически анализирует онтологические доказательства бытия Бога, отрицает врожденность идеи Бога в человеке.