Вокально-инструментальные произведения: около 300 духовных кантат (сохранилось 199); 24 светские кантаты (в их числе «Охотничья», «Кофейная», «Крестьянская»); мотеты, хоралы; Рождественская оратория; «Страсти по Иоанну», «Страсти по Матфею», «Магнификат», Месса си минор («Высокая месса»), 4 короткие мессы.
Арии и песни — из второй Нотной тетради Анны Магдалены Бах.
Для оркестра и оркестра с солирующими инструментами:
6 Бранденбургских концертов; 4 сюиты («увертюры»); 7 концертов для клавесина (клавира) с оркестром; 3 концерта для двух клавесинов с оркестром; 2 концерта для трех клавесинов с оркестром; 1 концерт для четырех клавесинов с оркестром; 3 концерта для скрипки с оркестром; концерт для флейты, скрипки и клавесина.
Произведения для скрипки, виолончели, флейты с клавиром (клавесином) и соло: 6 сонат для скрипки и клавесина; 6 сонат для флейты и клавесина; 3 сонаты для виолы да гамба (виолончели) и клавесина; трио-сонаты; 6 сонат и партит для скрипки соло; 6 сюит (сонат) для виолончели соло.
Для клавира (клавесина): 6 «английских» сюит; 6 «французских» сюит; 6 партит; Хроматическая фантазия и фуга; Итальянский концерт; Хорошо темперированный клавир (2 тома, 48 прелюдий и фуг); Гольдберговские вариации; Инвенции для двух и трех голосов; фантазии, фуги, токкаты, увертюры, каприччио и др.
Для органа: 18 прелюдий и фуг; 5 токкат и фуг; 3 фантазии и фуги; фуги; 6 концертов; Пассакалья; пастораль; фантазии, сонаты, канцона, трио; 46 хоральных прелюдий (из Органной тетради Вильгельма Фридемана Баха); «Шюблеровские хоралы»; 18 хоралов («Лейпцигские»); несколько циклов хоральных вариаций.
Музыкальное приношение. Искусство фуги.
In Fine.