Был основан в XVI веке на Девичьем поле (иначе именовавшемся Самсоновым лугом). В 1523 г. было выдано из великокняжеской казны 230 килограммов серебра на устройство нового монастыря, построить который еще за 9 лет до того дал обет московский князь Василий III, если удастся взять Смоленск, отвоеванный у Московского княжества литовцами. Смоленск действительно был взят, а место для монастыря было выбрано не простое – с этого поля икона Божией Матери Одигитрии Смоленской была отправлена из Москвы обратно в Смоленск. Название Девичьего поле получило оттого, что по преданию, во времена татаро–монгольских нашествий баскаки отбирали здесь русских девушек, которым предстояло отправиться в Орду.
Новый расцвет монастыря начался с воцарением Романовых. Уже после вступления на престол Михаила Федоровича монастырь был восстановлен и вновь стал действующим, а при Алексее Михайловиче и Федоре Алексеевиче он был превращен в царское богомолье. В дар Новодевичьему монастырю от монархов были переданы многочисленные вотчины и драгоценности.