Уход Шрилы Прабхупады стал большим потрясением для ИСККОН – и лично для его учеников и для организации в целом. И духовное, и практическое руководство Обществом легло на плечи ДжиБиСи, одиннадцать из которых получили непосредственные благословения от Шрилы Прабхупады принимать учеников. Из-за духовной незрелости лидеров в ИСККОН усилились внутренние трения. Весь мир был условно поделен на зоны, и одиннадцать преемников Шрилы Прабхупады получили титулы «Зональных ачарьев», заняв положение абсолютных авторитетов в своем регионе. Время показало, что больше половины из них не выдержали испытание «медными трубами» и ушли из сознания Кришны. Перекосы, злоупотребления властью и духовные отклонения в руководстве стали поводом для того, чтобы слабые места в сердцах преданных проявились на поверхность, и многие из учеников Шрилы Прабхупады пали или ушли из сознания Кришны. Так, спустя десять лет, из пяти тысяч учеников, инициированных Шрилой Прабхупадой, активных членов ИСККОН осталось только около пятисот.
В 1981 году состав членов ДжиБиСи был расширен, а с 1982 года стали появляться новые инициирующие гуру ИСККОН. Окончательно система «Зональных ачарьев» была устранена лишь к 1989 году, когда была сформирована нынешняя структура ИСККОН: Шрила Прабхупада является единственным основателем-ачарьей ИСККОН. Совет ДжиБиСи является коллегиальным высшим административным и духовным органом ИСККОН, представляющим Шрилу Прабхупаду после его ухода; все гуру ИСККОН действуют с благословения и под руководством ДжиБиСи.
Хотя все эти события и сотрясали руководящие структуры Общества, духовная жизнь большинства преданных продолжала развиваться своим чередом: распространялись книги, открывались новые центры по всему миру, приходили новые люди, преданные получали инициации, появлялись новые и развивались старые направления проповеднической деятельности ИСККОН. Благодаря чистоте принципов, заложенных Шрилой Прабхупадой, ИСККОН смог преодолеть период «переходного возраста» и преобразоваться в зрелую и динамичную духовную организацию. Более того, следуя по пути, проложенному Шрилой Прабхупадой и ИСККОН, более активно начали заниматься проповеднической деятельностью организации, сформировавшиеся после распада Гаудия Матх. Таким образом, на Западе появились представители других групп Гаудия-вайшнавов, которые также стараются в той или иной степени проповедовать послание Господа Чайтаньи. ИСККОН же, по милости Шрилы Прабхупады преодолевая различные внутренние и внешние трудности, продолжает стремительно двигаться вперед и развиваться, прокладывая для всего мира путь к идеалам чистой любви к Богу.