Выделение (разграничение) экосистем в природе часто оказывается далеко не простой задачей. Прежде всего, не существует единой точки зрения по поводу минимальной размерной единицы экосистемы. Некоторые исследователи склонны рассматривать в качестве таковой сравнительно простые, небольшие по размеру сообщества: сообщество разлагающегося ствола дерева, население верхней поверхности листа кувшинки и т. п.
Действительно, принимая за основу первое из приведенных в теме 8 определение экосистемы: «...любое непрерывно меняющееся единство, включающее...», можно считать экосистемой любой биоценоз, отвечающий таким требованиям, как наличие трофических уровней, влияние на микроклимат и т. д. Но вспомним другую формулировку, в ней, в отличие от первой, заключен фактор времени: «...исторически сложившаяся система...». Видимо, «население» пня или комплекс видов-сапрофагов, живущих в лепешке навоза, правильнее рассматривать лишь как фрагменты экосистемы, существующие непродолжительное время. Их можно назвать микроэкосистемами (Р. Дажо дает им название «синузия»). Автономность микроэкосистемы относительна и существенно зависит от остальных фрагментов экосистемы. Исходя из этих рассуждений, минимальной размерной единицей экосистемы следует считать более крупные, чем микроэкосистемы, единства: луг, лес, поле, озеро и т. д.