Врожденные пороки развития известны с глубокой древности и несомненно грубые изменения формы тела привлекали к себе внимание и в доисторический период. Наскальные рисунки в Австралии, нанесенные много тысячелетий назад, изображают сросшихся близнецов. Известно древнеегипетское (свыше 5 тыс. лет назад) изображение больного с хондродисплазией. В вавилонской клинописи (3800-2000 лет до нашей эры), переведенной и изданной Британским музеем в 1870 году, имеется таблица, в которой определено 62 вида врожденных пороков. Известно, что ряд фараонов XI и XII династий (2400-1780 лет до н. э.) страдали косолапостью.
В древности люди давали фантастические объяснения возникновения пороков, а именно, обвиняли женщину, родившую ребенка с пороками в сожительстве с дьяволом, животными. Очевидно, таким объяснениям способствовали мифы о сфинксах (голова женщины с туловищем льва), кентаврах (получеловек-полулошадь), гарпиях (птица с головой женщины), фавнах (юноша с козлиными ногами).
С другой стороны, отдельные реально существующие пороки действительно имели сходство с тем или иным животным, что могло порождать мифы. Например, при пороке называемом сиреномелией, когда имеет место сращение нижних конечностей, это отдаленно напоминает хвост рыбы, а при врожденном гиперкератозе кожа напоминает чешую рыбы, отсюда и название этого порока - ихтиоз. Эти пороки, также как циклопия и близнецовые пороки типа сиамских близнецов послужили основанием для создания мифов о русалках, циклопах, двуликом Янусе.
В средние века врожденные пороки объясняли сверхъестественными силами, совокуплением с животными или во время менструации, а также «материнскими впечатлениями», те есть неожиданными и сильными переживаниями беременной женщины. Несмотря на всю абсурдность этих объяснений, имеются указания, что в Америке и в Дании вплоть до XYII века казнили женщин, родивших детей с врожденными пороками. Однако уже в древности известны и материалистические подходы к трактовке происхождения врожденных пороков. Гиппократ, например, объяснял происхождение некоторых пороков механическими воздействиями (травмы, давление) на матку.
Значительно пополнились знания по тератологии в связи с использованием морфологического метода исследования трупов и плодов. Эти исследования позволили описать многие пороки, определяемые лишь морфологически, и наряду с методами сравнительной анатомии легли в основу теории остановки развития. Эту теорию особенно поддерживал J.Meckel, который считал, что большинство пороков человека есть результат остановки в развитии эмбриогенеза и в определенной мере повторение филогенеза. Многие вопросы этиологии и патогенеза врожденных пороков были разрешены при помощи экспериментального метода. Первые попытки получить в эксперименте на гидрах нарушения развития принадлежат A.Trembley (1744).
Мощным стимулом развития тератологии послужило открытие в 1941 году тератогенного действия вируса коревой краснухи и развившаяся в 1959-61 годах "талидомидная катастрофа", когда после применения беременными талидомида в ряде стран Западной Европы родилось несколько десятков тысяч детей с тяжелыми врожденными пороками. Эти факты заставили мировую общественность по-новому оценить данные, накопленные экспериментальной тератологией, и пересмотреть взгляды о надежной внутриутробной защите плода человека от воздействия факторов внешней среды.
Широкое применение в тератологии основных положений генетики значительно обогатило знания об этиологии и патогенезе врожденных пороков и резко расширило возможности их профилактики. Особая роль в этом принадлежит открытию в 1959 году хромосомной этиологии ряда давно известных синдромов (Дауна, Клайнфелтера, Шершевского-Тернера).
Значительный вклад в развитие тератологии внесли отечественные ученые. В России начало тератологическим исследованиям было положено указом Петра I от 13 февраля 1718 года о создании в Петербурге (в Кунсткамере) «Музея уродливостей». На материале этого музея работали выдающиеся эмбриологи К.Ф.Вольф (1733-1794) и К.М.Бэр (1792-1876), с именами которых связаны первые исследования по тератологии в России.