Некоторые учёные причисляют ИСККОН к западным современным религиям в стиле нью-эйдж и сравнивают ИСККОН с миссионерскими неоиндуистскими организациями западного типа.
Некоторые деятели антикультового движения утверждают, что ИСККОН не является частью «традиционного индуизма» и принадлежит к неоиндуизму по причине того, что кришнаиты не признают наследственности кастового деления общества. Гэвин Флад по этому поводу отмечает, что «…внутри индуизма всегда существовали течения, отвергавшие касты и утверждавшие общедоступность спасения. К ним, в частности, относится и ИСККОН». Некоторые критики ИСККОН также указывают на то, что кришнаиты неиндийского этнического происхождения не допускаются в некоторые индуистские храмы в Индии.
Также критиками утверждается, что этнические индусы считают, что индуистом в реальном, традиционном смысле нельзя «стать» — им можно только родиться.