до перехода на "упрощенку"
При отгрузке товаров по авансам, полученным до перехода на упрощенную систему налогообложения, организация может выделить НДС в отгрузочных документах и выставить счет-фактуру с указанием НДС. После окончания отчетного периода, в котором произошла отгрузка, организация может подать в налоговые органы декларацию по НДС. По строке 020 разд. 3 указанной декларации будут показаны сумма выручки от реализации товаров и сумма НДС.
Организация-поставщик на упрощенной системе налогообложения может заключить с покупателем дополнительное соглашение к договору купли-продажи. В нем будет указано, что с момента перехода на "упрощенку" организация-поставщик перестает быть плательщиком НДС и поэтому отгрузка товаров должна осуществляться без НДС. В результате этого стоимость товара должна быть изменена в сторону увеличения.
Так как организация-поставщик перестает быть плательщиком НДС, то, по мнению налоговиков, она не может зачесть сумму НДС, рассчитанную и уплаченную в бюджет с аванса.
Несмотря на то что организация по-разному оформляет отгрузку товаров, финансовый результат от этой операции будет одинаковым в обоих случаях. При этом первый вариант гораздо выгоднее для организации-покупателя, так как на основании счета-фактуры, полученного от организации-поставщика, она может сумму "входного" НДС по приобретенным товарам предъявить к налоговому вычету.