З огляду на виняткову актуальність охорони атмосферного повітря від відпрацьованих автомобілями газів, їхнього впливу на людей першочерговою проблемою є створення екологічно "чистих" видів транспорту. В даний час ведеться пошук більш "чистого" палива, ніж бензин. У якості його замінників розглядається екологічно чисте газове паливо, метиловий спирт (метанол), малотоксичний аміак і ідеальне паливо - водень.
Довгий час створювалося враження, що застосування дизельних двигунів сприяє екологічній чистоті. Однак, незважаючи на те, що дизельні двигуни більш економічні, таких речовин, як CO, NO2 вони викидають не менше, ніж бензинові. Вони істотно більше викидають сажі (очищення від якої дотепер не має кардинальних рішень), діоксиду сірки. У сполученні ж зі створюваним шумом дизельні двигуни не є більш екологічними в порівнянні з бензиновими. Що стосується водневого двигуна, то він є екологічно чистим, тому що при згорянні вугле-водноповітряної суміші утворюється водяна пара і виключається утворення яких-небудь токсичних речовин, крім оксидів азоту, емісія яких також може бути доведена до незначного рівня.
З погляду екологічної чистоти найбільш перспективним є електромобіль. У дослідно-конструкторських бюро створені пробні моделі автомобілів, що працюють на енергії електричних акумуляторів у межах міста, а за його межами перехід на роботу на звичайних карбюраторних двигунах. Ідуть роботи по створенню ідеального виду транспорту - автомобіля на сонячних батареях.
Загальний екологічний стан у містах визначається також правильною організацією руху автотранспорту. Найбільший викид уразливих речовин відбувається при гальмуванні, розгоні, додатковому маневруванні.