· Безпосередня дія токсичних і алергенних трансгенных білків ГМО.
· Ризики, опосередковані плейотропною дією трансгенних білків на метаболізм рослин.
· Ризики, опосередковані нагромадженням гербіцидів і їхніх метаболітів у стійких сортах і видах сільськогосподарських рослин.
· Ризики горизонтального переносу трансгенних конструкцій, у першу чергу в геном симбіонтних для людини й тваринних бактерій (E.colі, Lactobacіllus (acіdophіllus, bіfіdus, bulgarіcus, caucasіcus), Streptococcus thermophіlus, Bіfіdobacterіum і ін.).