· Зниження сортової розмаїтості сільськогосподарських культур внаслідок масового застосування ГМО, отриманих з обмеженого набору батьківських сортів.
· Неконтрольований перенос конструкцій, особливо таких, які визначають різні типи стійкості до пестицидів, шкідників і хвороб рослин, внаслідок перезапилення з дикоростучими родинними й предковими видами. У зв'язку із цим зниження біорозмаїття дикоростучих предкових форм культурних рослин і формування "супербур'янів".
· Ризики неконтрольованого горизонтального переносу конструкцій у ризосферну мікрофлору.
· Негативний вплив на биорозмаїття через враження токсичними трансгенними білками нецільових комах і ґрунтової мікрофлори й порушенні трофічних ланцюгів.
· Ризики швидкої появи стійкості до використаних трансгенних токсинів у комах- фітофагів, бактерій, грибів і інших шкідників, під дією відбору на ознаку стійкості, високоефективного для цих організмів.
· Ризики появи нових, більше патогенних штамів фітовірусів, при взаємодії фітовірусів із трансгенними конструкціями, що проявляють локальну нестабільність в геномі рослини- хазяїна й тим самим являються найбільш імовірною мішенню для рекомбінації з вірусної ДНК.