Більшість індонезійців сповідують іслам, який часто змішують з елементами індуїзму, буддизму та місцевих язичницьких релігій. Прихильникиіндуїзму живуть переважно на Балі, а християни розсіяні по всій країні. Дві третини з усього християнського населення Індонезії — протестанти, інші переважно римські католики. Також тут багато буддистів та конфуціанців. У віддалених областях дуже поширені родові релігії.
Іслам найбільш строго сповідують на західній Суматрі, Яві, південно-східному Калімантані та Малих Зондських Островах. В інших районах тільки одна третя частина із тих, хто вважають себе мусульманами дотримуються всіх ритуалів.