Врач-гигиенист должен проверить, какой материал отобран для лабораторного исследования, а если это не сделано, то организовать его отбор с соблюдением правил стерильности. Собирают остатки подозреваемой пищи, суточные пробы готовых блюд, рвотные массы, промывные воды, испражнения, кровь для посева на гемокультуру и для постановки серологических реакций, слизь из зева и носа, смывы с рук персонала, соскобы и смывы с инвентаря, оборудования, посуды. Объем лабораторных исследований устанавливается в каждом случае индивидуально.