Нормами статті 326 Податкового кодексу України надано право водокористувачам самостійно обчислювати збір за спеціальне використання води та збір за спеціальне використання води для потреб гідроенергетики і рибництва.
Базовим податковим (звітним) періодом для збору за спеціальне використання води є календарний квартал.
При цьому звертаємо увагу, що платники - водокористувачі, які використовують воду для потреб водного транспорту, обчислюють збір, на основі із специфіки та режиму судноплавства (починаючи з першого півріччя поточного року, у якому було здійснено таке використання, оскільки це пов'язане з особливостями використання води при експлуатації водного транспорту).
Обчислення збору за спеціальне використання води здійснюється виходячи з фактичних обсягів використаної води (з урахуванням обсягу втрат у їх системах), лімітів, ставок збору та коефіцієнтів.
Водокористувачі-постачальники води, які поставляють (передають) воду іншим водокористувачам без укладення з останніми договору на поставку води, зобов'язані обчислювати і сплачувати збір самостійно за обсяги води, які були передані.
Підприємства гідроенергетики збір за спеціальне використання води для потреб гідроенергетики обчислюють, виходячи з фактичних обсягів води, пропущеної через турбіни гідроелектростанцій, та ставок збору.
Збір за спеціальне використання води для потреб рибництва обчислюється, виходячи з фактичних обсягів води, необхідної для поповнення водних об'єктів під час розведення риби та інших водних живих ресурсів (у тому числі для поповнення, яке пов'язане із втратами води на фільтрацію та випаровування), та ставок збору.
Підприємства житлово-комунального господарства при обчисленні збору виходять з фактичних обсягів вилученої, використаної води (з урахуванням обсягу втрат у їх системах), переданої за договорами, а також населенню, ставок збору, з урахуванням коефіцієнта 0,3 (п. 325.9 ст. 325 Податкового кодексу України).
За воду, що використовується для задоволення питних і санітарно-гігієнічних потреб населення збір не справляється.
Звертаємо особливу увагу, що у пункті 326.7 Податкового кодексу України зазначається про збір за спеціальне використання води у разі її використання одночасно для різних цілей, за різними напрямами, з різних водних об'єктів.
Акцентуємо увагу на особливостях обчислення збору при використанні води для потреб охолодження обладнання оборотної системи водопостачання.
Для уникнення подвійного оподаткування збором за спеціальне використання води для водокористувачів, які застосовують для потреб охолодження обладнання оборотну систему водопостачання, при обчисленні збору за спеціальне використання води таким водокористувачам - платникам збору - необхідно виходити з фактичних обсягів води, використаної безпосередньо на підживлення оборотної системи та ставок збору, відповідно до норм ст. 325 Податкового кодексу України.
У разі, якщо водокористувач буде використовувати певні обсяги води не тільки для вказаних цілей (підживлення оборотної системи водопостачання), але і для інших потреб, незалежно від виду діяльності та потреб, то в такому випаду такий водокористувач зобов'язаний обчислювати збір за всі інші обсяги фактично використаної води на загальних підставах, відповідно до п. 326.2 ст. 326 Податкового кодексу України.
Одночасно зауважуємо, що при обчисленні збору водокористувачами - платниками збору, а саме: теплоелектростанціями з прямоточною системою, водопостачання збір обчислюється, виходячи з фактичних обсягів використаної води, що пропускається через конденсатори турбін для охолодження конденсату, ставок збору та коефіцієнта 0,005 відповідно до п. 325.8 ст. 325 Податкового кодексу України.
Коли у водокористувача відсутні вимірювальні прилади, то обсяг фактично використаної води він може визначити за технологічними даними (тривалість роботи агрегатів, обсяг виробленої продукції чи наданих послуг, витрат електроенергії, пропускної спроможності водопровідних труб за одиницю часу тощо).
Необхідно зазначити, що у разі, коли у водокористувача відсутні вимірювальні прилади, але у платників є можливість їх встановлення, то збір сплачується у двократному розмірі.
Оскільки дозвіл на спеціальне водокористування обмежений терміном його дії, то всі водокористувачі, у яких добігає термін дії дозволу, зобов'язані у встановленому порядку і строки переоформити дозвіл або отримати новий.
У разі, коли у водокористувача відбулися: зміни умов водокористування, видачі протягом року нових дозволів на спеціальне водокористування, укладення договорів на поставку води, водокористувачі, які отримали переоформлені дозволи на спеціальне водокористування, договори на поставку води, зобов'язані протягом 10 днів повідомити про це орган державної податкової служби та орган водного господарства.
Органи державної податкової служби контролюють наявну кількість платників збору, проводять аналітичні дослідження щодо збільшення чи зменшення кількості платників та причини такого зменшення, прогнозують надходження до бюджету зі збору, виявляють платників, яким були видані дозволи, але які не подають податкову звітність та не сплачують вчасно збір.