Відновлення радянської влади на визволених від нацистської окупації українських землях викликало нову хвилю терору щодо населення. Як цілком слушно зауважують сучасні нам історики, Й. Сталін розгорнув нову війну — війну проти переможців. Солдати Великої Вітчизняної війни, які пережили жахіття німецького полону, повною мірою відчули слова Й. Сталіна: «В Червоній Армії немає полонених — є лише зрадники Вітчизни». Як наслідок, значна кількість колишніх полонених та примусово вивезених на роботи до Німеччини мирних жителів на Батьківщині було звинувачено у зраді Вітчизні. Їм довелося пройти через табори ГУЛагу. Практично наступного дня після Великої Перемоги було видано наказ про створення концентраційних таборів для червоноармійців, які були у полоні. Та й населення територій, що проживало на тимчасово окупованій території на довгий час опинилося під підозрою радянської влади.
Трагічні події розгорнулися на Кримському півострові. Близько 200 тис. татар, греків, болгар та представників інших національностей було звинувачено в посібництві ворогові та депортовано.
Справжня братовбивча «війна після війни» розгорнулася на Західній Україні. Відразу після визволення Західної України радянська влада зіштовхнулася з новою потужною опозиційною їй силою — загонами УПА. Маючи у своєму складі близько 100 тис. вояків, УПА лише впродовж 1944—1945 рр. здійснила близько 15 тис. диверсійних актів, внаслідок яких загинуло близько 30 тис. чоловік. У відповідь війська НКВС спільно з бойовими частинами Червоної Армії провели за відповідний проміжок часу понад 25 тис. антиоунівських акцій. А на початку 1946 р. було проведено широкомасштабну операцію «Велика блокада» у ході якої брало участь близько 600 тис. радянських бійців. У результаті проведення даної операції чисельність загонів УПА скоротилася майже на 40%.
Такі втрати змусили провід УПА переглянути тактику боротьби. Великі підрозділи повстанців були реорганізовані у боївки до складу яких входило 10—15 бійців. Це забезпечувало маневреність військових частин. Чудово знайомі з місцевістю, маючи підтримку з боку населення, вояки ОУН певною мірою контролювали територію площею до 150 тис. км2.
Ситуація кардинально змінилася після завершення Великої Вітчизняної війни. Супроти боївок УПА радянська влада отримала можливість застосувати значну кількість досвідчених радянських солдатів і офіцерів, які пройшли горнило Другої світової війни. Як наслідок, в результаті застосування різноманітної тактики: блокади місцевості, масових арештів та депортацій місцевих мешканців, які підозрювалися у допомозі воякам УПА, проголошення амністії, — радянській владі вдалося локалізувати діяльність українського націоналістичного підпілля. Зокрема, впродовж 1944—1953 рр. було заарештовано майже 105 тис. осіб, запідозрених у співпраці з ОУН, понад 220 тис. мирних жителів було депортовано.
Величезних втрат бійці УПА зазнали 5 березня 1950 р., коли загинув головнокомандувач УПА генерал-хорунжий Роман Шухевич (Тарас Чупринка). Як наслідок, до кінця 1952 р. активний спротив УПА радянській владі практично припинився. Останній керівник УПА, полковник Василь Кук, заради збереження людей віддав наказ відмовитися від збройних акцій. У травні 1954 р. його було заарештовано НКВС. Однак боротьба не припинилася. Відомо, що останню боївку УПА знищили радянські служби державної безпеки в квітні 1960 р.
Ще одним безпрецедентним кроком радянізації західноукраїнських земель стала ліквідація Української греко-католицької Церкви. Невтомна діяльність упродовж 1901—1944 рр. митрополита А. Шептицького перетворила УГКЦ на потужний духовний центр, який мав винятковий вплив на населення Західної України. Після приходу радянських військ на ці території А. Шептицький надіслав листа до Ради у справах релігії при уряді СРСР, у якому задекларував свою готовність до пошуку шляхів співпраці з радянською владою. Однак 1 листопада А. Шептицький помер. Його наступником став Йосип Сліпий, який направив до Москви повноважну делегацію у складі К. Шептицького, Г. Костельника, Г. Будзинського. Делегацію було прийнято в Раді у справах релігії, де вона вручила звернення Й. Сліпого «До духовенства і віруючих», у якому містився заклик до вояків УПА припинити збройну боротьбу. У відповідь УГКЦ було обіцяно право вільного відправлення богослужінь.
Однак досить швидко радянська влада змінила своє ставлення. УГКЦ було звинувачено у антирадянській діяльності. Шпальти офіційних періодичних видань рясніли «викривальними статтями». У квітні 1945 р. прокотилася хвиля арештів, в результаті яких практично все вище духовенство на чолі з Й. Сліпим опинилося у сталінських катівнях.
Паралельно з цим, у Львові 8—10 березня 1946 р. відбувся Собор представників Української греко-католицької Церкви, на якому було ухвалено рішення про скасування Брестської церковної унії 1596 р. та об’єднання з Руською православною Церквою.
Останнім же актом сталінського терору стала так звана «справа лікарів». Зокрема, 13 січня 1953 р. центральні газети опублікували повідомлення про арешт лікарів, які працювали у Кремлівській лікарні та були звинувачені у вбивстві вищих державних та партійних діячів СРСР. Практично, даним актом Й. Сталін розпочинав новий оберт репресій, спрямований супроти інтелігенції. Однак довести справу до кінця Й. Сталіну не вдалося. 5 березня 1953 р. за загадкових обставин Йосиф Вісаріонович Сталін помер.