Із втратою державності руськими землями чи не єдиною об’єднавчою силою української нації, фактично символом українства, залишалася православна Церква. Люблінська унія, сеймові постанови та універсали польських королів надали їй юридичного повноправ’я в Речі Посполитій. Проте домінування католицького чинника в громадсько-політичному житті Польщі, Литви, а згодом — Речі Посполитої, а також низка внутрішніх та зовнішніх обставин призвели до кризового стану в середовищі православ’я.
Серед внутрішніх причин кризи можна назвати пасивність ієрархів Київської митрополії, які зосередились на внутрішніх церковних справах і приділяли мало уваги підготовці кваліфікованих кадрів для власної Церкви, навчанню молоді загалом, просвітницькій діяльності серед населення. Брак державної підтримки надав можливості втручатися в церковні справи полякам-католикам. Це супроводжувалося падінням престижу православної Церкви у середовищі української шляхти, яка поступово розчаровується в православ’ї і шукає виходу в інших конфесіях — протестантизмі та католицтві. Це, в свою чергу, збідювало джерела фінансування православ’я. Як наслідок, значна кількість регіональних церков та монастирів втрачали фінансову стабільність.
Ще одним критичним моментом було активне втручання у церковне життя світських осіб через т. зв. право патронату, відповідно до якого покровителем або патроном православного храму та парафії ставав власник населеного пункту, а всієї Церкви загалом — великий князь/король-католик. Їм належало і право на висування кандидатур та на затвердження церковних ієрархів. Зокрема, митрополит Київський втратив право призначати єпископів. Це дало можливість займати найвищі церковні посади світським особам, далеким від церковних інтересів. Такі посадовці використовували своє становище для майнового збагачення чи політичного зростання.
Також негативну роль відіграла діяльність новоствореного Московського патріархату, спрямована на підпорядкування Київської митрополії та підвладних їй єпархій Речі Посполитої.
Означені фактори викликали глибоку церковну кризу, яка поставила під загрозу саме існування православного християнства на теренах України.
Криза православної Церкви викликала також активне втручання в церковні справи світського населення, організованого у братства. Сформовані заради поліпшення та підтримки парафіяльних справ, протидії покатоличенню українського населення, братства намагалися перебрати на себе повний контроль над церковною діяльністю і зокрема над ієрархами православної Церкви.
Першим було створено Успенське братство у Львові наприкінці 1585 р. Згодом братства було сформовано в Рогатині та Красноставі — 1589 р., Бресті та Городку — 1591 р., Комарні — 1592 р., Києві — 1615 р. та інших населених пунктах. Засновували братства міщани, духовенство, патріотично налаштоване шляхетство, козацтво. Яскравий приклад — вступ до київського братства запорозького війська на чолі з Петром Сагайдачним.
За мету діяльності братства ставили здобуття права на участь світських громад в управлінні церковними справами та встановленні світського контролю над діяльністю єпископів. Братства ініціювали церковні реформи, контролювали діяльність священнослужителів, засновували школи, друкарні, бібліотеки, залучали до роботи в школах і парафіях учителів та проповідників, вивчали і розповсюджували духовну літературу, реформували монастирі, організовували шпиталі та кредитні спілки, намагаючись підтримати українське життя в полонізованих містах.
Цю діяльність підтримували вищі православні ієрархи. Так, у 1586 р. Антіохійський патріарх Йоаким затвердив статут Львівського братства, а згодом воно отримало ставропігію, тобто виводилося з-під влади єпископа.
Значний внесок зробили братства і в розвиток освіти та культури. Так, львівське братство у 1585 р заснувало. школу елементами вищої освіти; започаткувало книгодрукування, викупивши друкарню померлого Івана Федорова; організувало шпиталь. У 1615 р. відкрилася братська школа в Києві. Поступово мережа братств охопила майже всі українські землі, навчаючи населення і розвиваючи культуру, реанімуючи інтерес до православної Церкви.
Однак діяльність польського уряду було спрямовано на підтримку католицтва. Падіння престижу православ’я та намагання змінити ситуацію, наявний досвід спроб об’єднання Церков знайшли відгук серед українського населення. Поступово викристалізувалася ідея союзу обох Церков.
На теренах України в кінці ХVІ ст. активізації унійних ідей сприяли кілька факторів. Польський король намагався захистити польський католицизм від європейських тенденцій реформаторства, тому дозволив у 1564 р. діяльність єзуїтського ордену. Згодом єзуїти поширили вплив на українські землі. Ще одним чинником була календарна реформа папи Григорія ХІІІ, проведена у 1582 р., що суттєво розмежовувала хронологію католицьких та православних релігійних свят. Це призвело до конфліктів між феодалами-католиками та простим православним населенням.
Ідея церковної унії мала вирішити низку проблем. Зокрема польський уряд передбачав за допомогою унії стабілізувати суспільно-політичне становище в державі, а перспективі — повністю окатоличити українське населення. Та й серед українців з церковною унією пов’язували свої надії майже всі верстви населення. Духовенство прагнуло зрівнятися в правах з католицьким, вийти з-під впливу братств, залагодити ситуацію всередині самої Церкви. Шляхта — отримати рівні права з католиками і відкрити собі шлях до найвищих державних посад; частині її також небайдужою була доля власне Церкви; міщани намагалися урівнятися в правах з католиками у системах судочинства та міського самоврядування.
Першим ідею переговорів із Папою висловив львівський єпископ Гедеон Балабан, який у 1590 р. скликав нараду єпископів у м. Белзі. На з’їзді були присутні єпископи: луцький — Кирило Терлецький, холмський — Діонісій Збіруйський, турівський — Леонтій Пелчицький. Саме тоді було висунуто ідею унії. Згодом до них приєдналися єпископи: володимирський — Іпатій Потій та перемишльський — Михайло Копистенський. Останнім ідею унії підтримав київський митрополит Михайло Рогоза. І. Потій та К. Терлецький відбули до Риму з пропозиціями щодо укладення унії, за якою передбачалося підпорядкування української Церкви Папі римському у випадку збереження останнім обрядів і устрою православної Церкви. Як наслідок, 23 грудня 1595 р. Папа римський формально прийняв українську православну Церкву під свою юрисдикцію.
Ця подія викликала хвилю обурення в Україні, що змусило польського короля призначити собор для обговорення унії на жовтень 1596 р. у Бресті. Щоправда, єдності серед учасників цього зібрання не спостерігалося. З самого початку собор розколовся на два: православний і уніатський. Православний собор, який очолював найвпливовіший український магнат В.-К. Острозький, рішуче засудив та відкинув ідею унії. В свою чергу, на уніатському соборі було затверджено об’єднання Церков та створення на їхній основі греко-католицької Церкви, що підпорядковувалася Папі римському. Відповідну грамоту підписали київський митрополит, п’ять єпископів і три архімандрити.
Згідно з умовами унії, обряди і таїнства руської Церкви залишалися, вище духовенство обиралося із греків та русинів і лише затверджувалося у Римі, владики мали отримати місця в сенаті нарівні з католицькими (не було реалізовано), монастирі, братства і церкви мали перебувати під контролем Церкви без втручання світських осіб, дозволялися змішані шлюби тощо. Таким чином, змінювалася лише юрисдикція і не ставилося питання про реформування православної Церкви. До того ж зрівняння у правах католиків та православних не сталося через розчарування в цій ідеї польської сторони.
Після проголошення унії навколо неї розгорілась дискусія, що активізувала таке явище, як полемічна література.
Слід зауважити, що дискусію навколо становища української православної Церкви було започатковано раніше, а в 1577 р. вийшла відома праця єзуїта Петра Скарги «Про єдність Церкви Божої». Аналізуючи розвиток українського народу, П. Скарга стверджував, що традиційна орієнтація на здобутки візантійської культури і православ’я перестала бути актуальною. Як наслідок, було запропоновано переорієнтуватися на Захід. П. Скарга закликав українців стати повноправними членами нової європейської спільноти, інтегрувавшись з іншими народами Речі Посполитої. Однак процес інтеграції, на його думку, передбачав не обмін і запозичення передових досягнень народів, а їхнє розчинення у середовищі панівного народу.
Проти цих ідей у 1587 р. рішуче виступив Герасим Смотрицький, який опублікував праці «Ключ царства небесного» і «Календар римський новий». У них він рішуче протестував проти окатоличення та ополячення. Розуміючи загрозу втрати самоідентифікації, автор закликав українців до боротьби за власні права, культуру, релігію.
В свою чергу, церковну унію розкритикували такі церковні та культурні діячі як Іов Борецький, Іван Вишенський, Захарія Копистенський, Мелетій Смотрицький та інші захисники православ’я. Вони чудово розуміли кризове становище православної Церкви в Україні, тож закликали духовенство до відмови від світських інтересів та до активізації роботи серед простого населення. Поряд із цим, вони вимагали у громадськості надати якомога більшу допомогу самій Церкві. Нагальність згуртування української спільноти навколо церковних справ вони пояснювали загрозою розчинення руського/українського народу в Речі Посполитій.
Неперевершеним полемістом був І. Вишенський. Православний монах, який більшу частину життя провів у грецькому православному монастирі на Афоні, він украй гостро сприймав інтереси та проблеми батьківщини. У близько 20 відомих нині творах («Короткослівна відповідь Петру Скарзі», «Послання до єпископам, що втекли від православної віри», «Порада») він засуджував ієрархів української православної Церкви в тому, що, намагаючись задовольнити особисті інтереси, вони забули про потреби православ’я та власного народу, рішуче виступав проти окатоличення українського населення і активно критикував проголошення Берестейської унії, зауважував П. Скарзі, що український народ, який створив власну багатогранну культуру, не потребує інтегрування до складу іншої цивілізації.
Цікавою є й праця Мелетія Смотрицького «Тренос», що побачила світ у 1610 р. В ній автор наголошував, що в Речі Посполитій український народ може вважати православну віру визначальним чинником своєї ідентичності, а Берестейську унію вважав суто політичною акцією. Зокрема він зауважив, що новоутворена держава, яка об’єднала представників різних націй, намагається здійснити уніфікацію. Таким чином, на думку М. Смотрицького, українство зобов’язане виступити на боротьбу за збереження власної, православної Церкви.
Подібні думки висловлював й І. Борецький. У праці «Пересторога» він закликав до захисту православ’я та української культури як форпостів українського народу на шляху польської асимілятивної політики.
Новостворена Церква, попри сподівання її ініціаторів, не принесла замирення суспільству, навпаки вона сприяла його розколу, адже митрополит і переважна більшість єпископів стали греко-католицькими, натомість монастирі та парафії залишилися православними, проте без ієрархів. На практиці рішення унії реалізовував І. Потій. Він переслідував непокірних архімандритів і священників, конфісковуючи на користь новоутвореної Церкви монастирі, школи, друкарні. Як наслідок, досить швидко в Речі Посполитій залишилися тільки два православних єпископати: Львівський і Перемишльський.
Релігійна боротьба поступово переростала в національно-визвольну і на захист православ’я з часом активно виступило козацтво. Зокрема гетьман П. Сагайдачний був одним із ініціаторів приїзду в українські землі Єрусалимського патріарха Феофана. Саме під захистом запорозьких козаків Феофан у 1620 р. таємно висвятив київського митрополита І. Борецького та кількох єпископів. Таким чином, було відновлено найвищу ієрархію української православної Церкви.
Саме козацтво стало ядром українського визвольного руху, який пожвавився в першій третині ХVІІ ст. та змусив польську владу піти на поступки українцям. Як наслідок, у 1632 р. польський король Владислав створив комісію, що виробила «Статті для заспокоєння руського народу», затверджені на коронаційному сеймі. Цей документ легалізував православну Церкву в Речі Посполитій, церковну ієрархію, повернув православній Церкві частину відібраних раніше маєтностей. Першим митрополитом Київським і Галицьким, офіційно визнаним владою Речі Посполитої, став Петро Могила, який реформував Церкву та значно підвищив її престиж.
Таким чином, період перебування українських земель у складі іноземних держав ХІV—ХVІІ ст. вкрай суперечливий. З падінням Галицько-Волинської держави українське населення потрапило під владу цілої низки іноземних країн, лише частково зберігаючи елементи державності у складі однієї з них — Великого Князівства Литовського. Проте українському народу вдалося не розчинитися серед інших, зберегти власну культуру, мову, релігію.