Протягом другої половини XVIІ ст. самодержавство поступово активізувало національно-колоніальну політику на Лівобережжі України. Фактично відразу ж після Переяславського акта 1654 р. розпочалося підпорядкування української економіки й гетьмансько-старшинської влади царському урядові, що згодом завершилося цілковитою ліквідацією самобутнього суспільно-політичного устрою в краї, монополізацією окремих галузей виробництва. Десятки тисяч козаків, селян і міщан, особливо під час правління Петра І (1692—1725), загинули від жахливих умов життя й праці на будівництві каналів, фортець та інших оборонних споруд. Водночас жорсткішала царська антиукраїнська політика щодо питань національної мови й культури. Розвиток сільського господарства в окремих регіонах відбувався нерівномірно. Спочатку економічно виділялися Лівобережна і Слобідська Україна, а згодом підтягнувся й Південь. Посівні площі в другій половині XVII ст. розширювалися переважно за рахунок земель польських магнатів і шляхти, вигнаних з України в ході Визвольної війни 1648—1654 рр. З другої половини XVII ст. поглиблювалася спеціалізація окремих сільськогосподарських районів. Наприклад на Лівобережжі та Слобожанщині більше уваги почали приділяти вирощуванню жита, на Півдні — пшениці. Важливого значення в Україні набуло тваринництво, зокрема племінне конярство. На Лівобережжі та Слобожанщині розводили коней української, російської, англійської, німецької, угорської, данської, іспанської, арабської, неаполітанської, турецької, нормандської порід.
Після Визвольної війни українського народу 1648—1654 рр. фактично необмеженими стали переходи з одного стану до іншого, з місця на місце. Було знищено велику земельну власність польських магнатів, заможної шляхти й католицьких монастирів, їхні землі перейшли в розпорядження новоствореної старшинської адміністрації на чолі з гетьманом. Водночас збереглася земельна власність православних монастирів, старшини, української середньої та дрібної шляхти. Незначна кількість маєтків залишилася за польською шляхтою. Особиста форма власності козаків і селян на землю ставала панівною. Така тенденція особливо чітко простежувалася на Лівобережжі та Слобожанщині.
Протягом другої половини XVII та у XVIII ст. дедалі активізувалося формування великої земельної власності в руках нової генерації «панів» із козацької старшини, а також православного духовенства. Як і раніше, феодальна земельна власність зростала, з одного боку, за рахунок освоєння цілини та пусток, а з іншого — шляхом купівлі або загарбання ділянок селян, рядових козаків, бідних міщан. З кінця XVII ст. царський уряд дедалі активніше втручався в аграрні відносини в Україні. Як зазначалося, згідно з Коломацькими статтями 1687 р., Іван Мазепа при обранні його гетьманом уже не мав юридичних підстав прибирати до своїх рук маєтки, визначені царськими грамотами як державні.
Освоєння земель Слобідської України розпочалося ще в XVI ст., але масовим стало наприкінці XVII ст. На Слобожанщині також інтенсивно зростала феодальна земельна власність. Наприкінці XVIII ст. половиною земельного фонду цього регіону володіли 250 поміщицьких родин (Кондратьєви, Квітки, Донець-Захаржевські та ін.). Збільшувалася власність дрібних феодалів і монастирів. На середину 80-х рр. XVIII ст. площа земельних угідь, підпорядкованих монастирям, перевищувала 85 тис. десятин.
У цей період в економіці переважають натуральні податки — рента феодалам, панщина, державні податки. Відбулися зрушення в промисловому виробництві, особливо в мануфактурному, яке розвинулося на базі дрібних селянських промислів і міського ремесла. Проте не всі вони одразу ж ставали капіталістичними. В умовах панування натурального господарства діяло чимало мануфактур і кустарно-кооперативних підприємств, де всі виробничі процеси здійснювалися лише на основі примусової праці. Так, на відміну від Лівобережжя, Слобожанщини й Півдня, всі мануфактури в Галичині були кріпосними, з застосуванням у них праці здебільшого «підданих» феодалів, і найманими були тільки кваліфіковані майстри. Це значною мірою обмежувало зростання мануфактурного виробництва в регіоні й визначало його консервативність. В Україні працювала також певна кількість промислових підприємств з використанням одночасно кріпосної та вільнонайманої праці.
Відбулися зміни в соціальній структурі українського народу. Це безпосередньо виявилося в зростанні кількості ремісників і купців у містах і містечках. Найбільші капітали в другій половині XVIІ ст. зосередились у руках шляхетських і старшинських родин Апостолів, Ґалаґанів, Марковичів, Миклашевських, Скоропадських, Ханенків (Лівобережжя), Кондратьєвих, Голуховичів, Квіток, Ковалевських, Данилевських (Слобожанщина), Браницьких, Ржевуських, Любомирських, Понятовських, Потоцьких, Чарторийських (Правобережжя). Більшість із них стали справжніми промисловими підприємцями. Протягом другої половини XVII ст. серед купців, які вели місцеву торгівлю, значно збільшується відсоток українців. У низці міст — Чернігові, Городні, Острі, Борзні та ін. — у їхніх руках зосереджується основна торгівля. Це започаткувало створення національної буржуазії. Серйозну конкуренцію купцям за певних умов створювали міщани, селяни, а також козаки, які торгували. Між ними розгорталася боротьба за ринки збуту товарів.
Поступово утворився своєрідний торговельний ланцюг, що єднав Лівобережжя, Слобожанщину, Правобережжя, Західну Україну. Через розгалужену систему ярмарків, торгів і базарів товари розходилися по всій території українських земель, незважаючи на різні перешкоди (державні кордони, економічну політику урядів, природні рубежі, митниці тощо). Торгівля не визнавала політичної розчленованості України, а це свідчило про економічну спільність українського населення. Вплив розвитку торгівлі й місцевих ринків на формування цієї спільності відчувався в різних регіонах неоднаково і мав свої особливості. В другій половині XVII ст. у вигіднішому для розвитку торгівлі становищі перебували Лівобережжя та Слобожанщина, котрі входили до складу Російської держави. Значно повільніше розвивалися товарно-грошові відносини в Західній Україні. Це зумовлювалося цілою низкою як об’єктивних, так і суб’єктивних причин (іноземне панування, високий рівень натурального господарства, кріпосницькі відносини, віддаленість від центральних районів тощо). Ще з другої половини XVII ст. розвиткові міст і торгівлі в цьому регіоні перешкоджали монополія держави на експорт зерна, худоби, державна митна політика, необмежене право землевласників на продаж-купівлю продукції сільського господарства, збільшення торговельних податків тощо. Проте, незважаючи на всі ці труднощі, торговельні зв’язки між окремими економічними районами західноукраїнських земель з Лівобережжям, Слобожанщиною, Правобережжям, Південною Україною поступово зміцнювалися. Кожний з цих регіонів відігравав особливу роль у формуванні національного ринку — складової всеросійського ринку. Велику роль у розвитку торгівлі й місцевих ринків відігравали шляхи, ярмарки. Фактично в кожному значному місті сходилося кілька торгових шляхів, існували торги та ярмарки. Транзитний шлях, який сполучав Угорщину та інші європейські країни з Галичиною, Правобережною Україною і Росією, проходив через Закарпаття. Значна частина товарообігу між українськими землями і центральними районами Росії, як і раніше, припадала на Лівобережжя — один з найрозвинутіших регіонів України.
У другій половині XVII ст. інтенсивно розвивалися також торгові зв’язки між Росією та Слобожанщиною. Царський уряд постійно тримав місцеву торгівлю в полі зору, безпосередньо контролював її від самого початку заселення краю. Слобожанщина постачала хлібом та іншими сільськогосподарськими продуктами Дон і Поволжя, а звідти везли додому сіль, рибу, переганяли коней. Дуже популярними в Росії були килими, виготовлені харківськими ткалями, слобожанські тютюн та горілка.
Тісні торгові контакти з Росією підтримувало й Запорожжя. Великий попит був на запорозьких коней, биків, овець, шкури, юхту, сало, масло, сир, вовну тощо. Нерідко торговельні операції між безпосереднім виробником і споживачем здійснювалися через скупника (або заможного козака, або українського чи російського купця). Січова старшина всіляко прагнула зосередити в своїх руках скуповування місцевих товарів і вивезення їх із Запорожжя. Царський уряд також підтримував таку торгівлю, поступово зменшуючи розміри митного обкладання запорозьких товарів. У свою чергу, Запорожжя одержувало з Росії та інших регіонів України полотно, прядиво і вироби з нього, залізо, смолу, деревину, сукно, тютюн, горілку та ін.
Незважаючи на складні політичні умови (зокрема на ворожу політику в цьому питанні уряду Речі Посполитої), у всеросійський ринок дедалі глибше втягувалася й Правобережна Україна. Російські купці відвідували великі ярмарки в Бердичеві, Дубні, Могилеві-Подільському, Білій Церкві, Вінниці, Богуславі. Одночасно різноманітна сільськогосподарська продукція та промислові вироби з поміщицьких маєтків Правобережжя надходили до Росії. Феодали Правобережжя переорієнтувалися на чорноморські порти, які відкривали прямий вихід на західноєвропейські та інші закордонні ринки.
Антифеодальна боротьба народних мас України в XVII ст. зумовлювалася насамперед поступовим відновленням феодально-кріпосницького гноблення, ліквідованого або послабленого в результаті Визвольної війни 1648—1654 рр. Політична обстановка в українських землях була складною: агресія шляхетської Польщі, султанської Туреччини і Кримського ханства; гостра боротьба старшинських угруповань, очолюваних претендентами на гетьманську булаву; протидія частини козацької старшини рішенням Переяславської ради, орієнтація на іноземні держави; наступ царського уряду на автономні права України; політична роз’єднаність українських земель тощо. За цих обставин антифеодальний рух в Україні набував специфічних рис і форм. Спрямований проти феодальної системи, він водночас мав значні визвольні тенденції.
Великий вплив на розгортання визвольної боротьби в Україні справила селянська війна 1667—1671 рр. під проводом Степана Разіна. Повстанську армію російського народного ватажка постійно поповнювали вихідці з українських земель — селяни, міська біднота, робітні люди промислів, запорозька сірома, лівобережні, слобідські й правобережні козаки.
У серпні 1670 р. кілька повстанських загонів попрямували з-під Царицина на Слобідську Україну, їх очолили Фрол Разін, Федір Шадра, Олекса Хромий та ін. Повстанці визволили Ольшанськ, де їх радо зустріли місцеві жителі. Царським військом повстання було придушено а повстанських керівників розстріляно. На початку листопада урядові війська погасили й спалахи народного повстання на Слобожанщині.
Селяни, рядові козаки, міські низи боролися і в 80—90-х рр. Улітку 1687 р. розпочалося повстання у більшості полків Лівобережної України. В Гадяцькому полку повсталі вбили осавула, в Прилуцькому — полковника. Селяни та козаки громили панські маєтки також у Переяславському, Лубенському та інших полках. 1684 р. відбулося селянсько-козацьке повстання на Київщині, Брацлавщині й Волині, 1693 р. — проти старшинської верхівки Запорозької Січі тощо.
Гострих форм набула боротьба селян на західноукраїнських землях. У 1670—1672 рр. проти надмірної панщини й непомірних податків виступили селяни Дрогобицького і Жидачівського повітів. На Прикарпатті тривав опришківський рух. Утікачі від феодального гніту — селяни, ремісники, наймити, — використовуючи сприятливі гірські умови, створювали загони і здійснювали сміливі походи до різних місць Прикарпаття та Закарпаття для покарання шляхти й інших кривдників трудящих.
У 1699 р. між Річчю Посполитою та Османською імперією було підписано Карловицький трактат, за яким султан, серед іншого, зрікався претензій на Правобережну Україну, а польський сейм 1699 р. ухвалив розпустити козацькі формування. У відповідь на, це фастівський полковник Семен Палій від імені зібраної в серпні 1699 р. старшинської ради написав листа-протест до нового короля — Августа II Саксонського. Справжнє прізвище фастівського полковника було Гурко; народився він у козацькій родині на лівому березі Дніпра, у м. Борзні (нині Чернігівської обл.). Вчився у Братській колегії, служив у Ніжинському полку; з 70-х рр. XVII ст. — на Січі. Як білоцерківський полковник перебував у Фастові (нині Київської обл.), влаштовуючи козацькі слободи й порядкуючи на території полку. Тут за кілька років набув слави «козацького батька» в успішних походах на татарських мисливців за ясиром. Як писав російський чернець-паломник Іван Лук’янов, який спілкувався з турками в Очакові, Білгороді та Бендерах, там про Палія ходила «страшно грізна слава»
Хоча до повстання, окрім козаків, було втягнуто міщан і навіть українську шляхту, головну базу Палієвих сил становила козацька чернь. З літа 1700 р. розпочалися збройні сутички козаків із польським військом, а наприкінці 1701 р. протистояння набуло масштабів справжньої війни, охопивши територію Київщини, південної Волині й східного Поділля, воно супроводжувалося винищенням шляхти, лихварів-євреїв та католицького й уніатського духівництва. Повстанцям, зокрема, вдалося вибити польські залоги з Немирова, Вінниці, Бара, Бердичева та інших міст і містечок, а в листопаді 1702 р. захопити Білу Церкву, оголосивши, що війна припиниться лише тоді, коли «по всій Україні від Дніпра до Дністра й до річки Случі не буде лядської ноги». Контакти між Мазепою та Палієм відбувалися ще з 1688 р., коли Палій уперше звернувся через лівобережного гетьмана до московського уряду з проханням прийняти округу правобережців під царський протекторат. Неодноразові апеляції до Петра І з проханням військової допомоги не досягли успіху, бо російського царя та польського короля поєднували союзницькі інтереси в Північній війні. Тому вже навесні 1703 р. польській армії вдалося відбити частину здобутих козаками міст. Коли ж у травні 1704 р. царське військо разом із козаками-задніпрянцями перейшло Дніпро вглиб Речі Посполитої на допомогу Августу II Саксонському, проблема козацького Правобережжя розв’язалася сама собою. Але після вступу царської армії на Правобережжя на своїх місцях залишилися всі полковники, окрім головного героя — С. Палія. На подання Мазепи, «козацького батька» влітку 1704 р. було заарештовано й за звинуваченням у зраді вислано до Тобольська (після переходу Мазепи на бік шведів Палія навесні 1709 р. привезли назад в Україну і він навіть був у Полтаві, хоча через слабкість уже не брав участі в Полтавській битві; помер 1710 р. в Межигірському козацькому монастирі під Києвом, куди від’їхав, передчуваючи наближення смерті, й похований там.