Царська влада розпочала активно інкорпорувати українські землі до Російської імперії, змінюючи їхній адміністративно-територіальний устрій, знищуючи козацьке управління. Формування абсолютистської монархії в Росії вело до створення та зміцнення нової самодержавно-бюрократичної системи управління. З 1706 р. на Слобожанщині скасовується воєводське управління і запроваджується єдиноначальна влада полковників, зарахованих до командного складу російської армії. В 1709 р. царський уряд сформував Українську дивізію під командуванням генерала російської армії, до якої ввійшли козацькі полки Лівобережної та Слобідської України. Основним завданням слобідських козацьких полків була боротьба проти татарських нападів. Однак з кінця XVII ст. Петро І почав включати їх до складу діючої армії, зокрема під час Азовських походів 1695—1696 рр. та Північної війни (1700—1721). Після поділу Росії на губернії у 1708 р. Харківський полк відійшов до Київської губернії, а решта Слобожанщини — до Азовської. Згодом, у 1719 р., вся Слобожанщина ввійшла до складу Київської губернії, де перебувала до 1722 р. 17 лютого 1723 р. було оголошено царський указ про обов’язкове призначення полковниками слобідських козацьких полків росіян. Указом сенату від 11 березня 1763 р. створювалася «Комісія по слобідських полках» на чолі з гвардії секунд-майором Є. Щербиніним, яка мала готувати цілковиту ліквідацію полкового устрою на Слобожанщині. Указом Катерина II 28 липня 1767 р. ліквідовано слобідське козацтво. Більшість заможних козаків наказним порядком переведено в гусари, а решту — в селянський стан. Старшина одержала офіцерські чини і статус дворянства. Водночас на території слобідських полків було створено Слобідсько-Українську губернію (маніфест від 28 липня 1765 р.) з центром у Харкові.
Згідно з «Постановою про губернії» (1775 р.), доповненою 1780 р., на Лівобережній Україні й Слобожанщині запроваджувалася загальнодержавна система адміністративно-територіального устрою — поділ на намісництва. За збереження губерніального поділу в Російській державі було утворено 34 намісництва, зокрема в Україні — Харківське, Київське, Чернігівське й Новгород-Сіверське. Правління кожного намісництва складалося з намісника, який здійснював адміністративно-поліційні функції, губернатора, віце-губернатора та двох радників. Правління намісництв відали адміністративними, судовими, фінансовими та іншими справами. У 1782 р. в Україні виникли станові суди: повітовий і верхній земський — для дворян, городовий і губернський магістрат — для міських мешканців, «нижня та верхня розправа» — для державних селян. Величезна маса кріпаків перебувала в юрисдикції своїх власників.
1796 р. указом «Про новий поділ держави на губернії» намісництва було ліквідовано. Харківське намісництво увійшло до складу Слобідсько-Української губернії, а Чернігівське з 1797 р. — до Малоросійської, до якої входили також Новгород-Сіверське, частина Київського та Катеринославського намісництв, а в 1802 р. Малоросійську губернію було поділено на Чернігівську і Полтавську.
«Трактат про вічний мир» між Росією і Польщею (1686 р.) офіційно зафіксував фактичне перебування Запорожжяв складі Російської держави. 1709 р. Запорозьку Січ було зруйновано. В 1711 р. з дозволу кримського хана частина козаків Запорозької Січі отаборилася в урочищі Олешках біля Дніпра на території, в той час підвладній Кримському ханству (нині м. Цюрупинськ Херсонської обл.). Хан не дозволяв козакам будувати укріплення й утримувати артилерію, козаки мали платити данину до ханської скарбниці, виконувати тяжкі земляні роботи на Перекопі та в інших місцях. За умовами Прутського миру 1711 р., між Російською державою і Туреччиною було визначено державні кордони, що пролягали в межиріччі Орілі та Самари. З того часу зменшилася можливість прямих економічних зв’язків Олешківської Січі з Лівобережною Україною, козацтво виявилося ізольованим від основного ядра української народності.
У 1714 р. січовики звернулися до царського уряду з проханням дозволити їм повернутися на Лівобережну Україну. Невдовзі гетьман Іван Скоропадський одержав грамоту Петра І від 1 лютого 1715 р. з дозволом козакам оселятися в Україні на місцях їхнього колишнього проживання. 31 серпня 1733 р. через назрівання війни проти Туреччини та гостру потребу в поповненні військ запорожцям за царською грамотою було офіційно дозволено заснувати Нову Січ на р. Підпільній, так звану Підпільненську Січ (Ново-Покровське). Запорожцям призначалися щорічна плата (20 тис. руб.), а також додаткові кошти на спорудження укріплень Січі.
Нова Січ стала центром Запорозького війська, місцем перебування запорозької військової старшини. У Новій Січі постійно мешкало 15—20 тис. козаків. Уся територія Запорожжя поділялася на адміністративно-територіальні округи-паланки. На правому березі Дніпра розміщувалися Кодацька, Бугогардівська й Інгульська (або Перевозненська) паланки, на лівому — Протовчанська, Орільська, Самарська й Кальміуська, а поблизу гирла Дніпра — Прогноїнська. Козаки кожної паланки були приписані до одного з 38 куренів, що традиційно зберігалися. Землі навколо Нової Січі вважалися землями, або «вольностями», Коша Запорозького. Паланок спочатку було 5, а в останній період існування Січі у зв’язку зі збільшенням її населення — 8. У центрі кожної паланки було невелике укріплення. Очолювали паланку призначений кошовим отаманом паланковий полковник і старшина. Населення паланок складалося переважно з козаків, які володіли «зимівниками» (основна форма землеволодіння на Запорожжі). Зокрема кошовий отаман Петро Калнишевський мав 7, а генеральний писар Глоба — 3 зимівники.
З відновленням гетьманства в Україні (1750 р.) влада над Запорожжям фактично поділялася між київським генерал-губернатором і гетьманом К. Розумовським, який постійно втручався у внутрішні справи Запорожжя, зокрема у вибори кошового отамана. 19 липня 1753 р. вийшов царський указ про заборону виборів на Січі кошового отамана, писаря й осавула та призначення нових старшин з відома царських урядовців. Незважаючи на те, що указ повністю запровадити в життя не вдалося, вибори кошової адміністрації зазнали істотних змін і відбувалися тепер не на загальних військових радах, а на старшинських сходках. Коло кошової старшини поступово звужувалося, а в останні роки існування Нової Січі залишалося майже без змін. Кошовий отаман П. Калнишевський, суддя Антон Головатий, писар Іван Глоба переобиралися щороку протягом 10 років. Зміцнюючи таким чином свою соціальну опору на Запорожжі, царський уряд зміг перейти до рішучіших дій щодо обмеження його самоврядування, а 3 серпня 1775 р. з’явився царський маніфест про ліквідацію Січі.
У середині XVIII ст. царський уряд вживає низку заходів для залучення іноземців, зокрема сербів, болгар, німців, для освоєння південних українських земель. Цей процес започатковано указом від 24 грудня 1751 р. «Про прийняття у підданство сербів, які бажають оселитися в Росії й нести службу особливими полками». З часом з’являється ряд указів про заселення «заднепрских» місць як іноземцями, так і російськими та українськими переселенцями, про утворення там Нової Сербії (1752 р.), Слов’яносербії (1753 р.) та Новослобідського козацького полку (1754 р.).
З поселенців Нової Сербії було створено два полки — гусарський і піхотний, які стали одночасно адміністративно-територіальними одиницями. Слов’яносербія поділялася на Бахмутський і Луганський гусарські полки. Новослобідський козацький полк на чолі з полковником підпорядковувався коменданту фортеці Св. Єлизавети (сучасне м. Кіровоград). Вирішальне значення в освоєнні південних земель належало переселенцям з Лівобережної й Правобережної України.
Суттєва реорганізація адміністративно-територіального устрою південних земель почалася з 1764 р. Царським указом від 22 березня Нову Сербію і Новослобідський козацький полк було перетворено на Новоросійську губернію. Управління губернією складалося з двох департаментів — військового й цивільного. Вся повнота влади зосереджувалася в руках генерал-поручика О. Мельгунова, якому підпорядковувались обидва департаменти. Указом від 11 червня 1764 р. до складу Новоросійської губернії включено також Українську лінію, Слов’яносербію і Бахмутську провінцію. У вересні того самого року приєднано міста Кременчук і Власівну, а також 13 сотень Полтавського полку.
Адміністративно-територіальний устрій Новоросійської губернії формувався царським урядом у руслі загальнодержавних перетворень. Водночас тут враховувались і попередні традиції військово-територіального козацького устрою. Спочатку Новоросійська губернія складалася з двох провінцій — Єлисаветградської й Катеринославської — та Бахмутського повіту. З 26 червня 1765 р. губернським містом став Кременчук.
З 1775 р. все Північне Причорномор’я поділялося на дві губернії — Новоросійську й Азовську, адміністративно-територіальний устрій яких пізніше неодноразово змінювався.
Відповідно до указу Павла І «Про новий поділ держави на губернії» (12 грудня 1796) намісництва було ліквідовано. Замість Катеринославського і Вознесенського намісництв і Таврійської області вдруге було створено Новоросійську губернію, її адміністративним центром став Катеринослав, перейменований на Новоросійськ. Ця губернія проіснувала до 1802 р., коли всю територію Південної України було поділено на три губернії: Катеринославську, Миколаївську (з 1803 — Херсонська) і Таврійську.
Правобережна Україна, політичний лад і адміністративно-територіальний устрій якої з часів Визвольної війни українського народу (1648—1654) визначили 12 сформованих козацьких полків, після Андрусівського перемир’я 1667 р. залишилася під владою шляхетської Польщі. Наприкінці XVII ст., після тривалої війни з султанською Туреччиною, Польща знову встановила своє панування в Правобережній Україні. На захоплених землях польський уряд прагнув будь-що ліквідувати органи української державності, але змушений був рахуватися з козаками заради оборони польських рубежів від Кримського ханства і султанської Туреччини. Королівським указом від 20 червня 1684 р. землі між Тясмином, Тікичем і порубіжжям Київського Полісся віддавалися козакам. Сеймова постанова 1685 р. узаконила цей указ та оголосила про збереження за козаками їхніх прав, вольностей і привілеїв.
Адміністрація козацьких полків, насамперед Семен Палій, неодноразово зверталася до царського уряду з проханням прийняти Правобережжя до складу Російської держави. У червні 1699 р. польський сейм прийняв рішення про ліквідацію козацьких полків. Після укладення Прутського мирного договору між Росією і Туреччиною (1711) більшість козаків переселилася на Лівобережжя, а козацький військово-територіальний устрій фактично перестав існувати. На Правобережній Україні, Волині та у Східній Галичині зберігався поділ на воєводства. Ця система, що забезпечувала панівне становище магнатів і шляхти, загалом функціонувала до кінця XVIII ст. Адміністративне управління в містах Правобережної України базувалося на Магдебурзькому праві. В містах існував також адміністративний апарат центральної королівської влади — воєводське й старостинське управління. Адміністративний устрій приватновласницьких міст значною мірою залежав від волі феодалів, яким вони належали.
Протягом другої половини XVIII ст. становище українців на Правобережжі, яке перебувало під владою Польщі, погіршувалося. Магнати й шляхта відбирали в селян землю й за рахунок цього розширювали свої володіння. Найбільшими земельними власниками були магнати Потоцькі, Чорторийські, Любомирські, Браницькі. В маєтках цих феодалів часто налічувалися десятки міст, містечок і сотні сіл. Наприклад, князеві Любомирському належали 31 містечко і 738 сіл. Утримання пишного двору потребувало значних коштів, тому пани збільшують повинності селян. Крім відпрацювання 4-денної панщини, селяни мусили ремонтувати й споруджувати панські будинки, утримувати в порядку шляхи та мости. Брали з кріпаків і натуральні побори — птицю, мед, гриби тощо. Тих, хто не корився панові, заковували в кайдани. Селяни в Польщі не мали ніяких прав, їхнє становище майже не відрізнялося від становища раба. Пан міг за своїм бажанням продавати селян, як худобу, дарувати, жорстоко катувати, ув’язнювати. Ціна дорослого селянина в середині XVIII ст. становила від 100 до 200 золотих. Наприклад, 1748 р. один шляхтич у м. Кчині поміняв свого кріпака на коня. Дуже скрутним було становище міського населення. У другій половині XVIII ст. правобережні міста втратили магдебурзьке право. Король і магнати втручалися в життя городян, поступово ліквідовували міське самоврядування. Посилилися гоніння на православних, відбувалися постійні процеси проти «єретиків», яких нещадно катували й фізично винищували, спалюючи на багатті. Становище українського населення погіршувалося через феодальну анархію: країна потерпала від свавілля магнатів, які вважали себе незалежними, а іноді навіть і вищими від короля. Міжусобна боротьба польської феодальної верхівки призводила до розорення українських земель, занепаду економіки й культури. Українці ніколи не мирилися зі своїм безправним становищем. Форми протесту проти панської сваволі були різними. Спочатку селяни й городяни вдавалися до скарг на феодалів та місцевих урядовців. Скарги селянства польський суд, як зазвичай залишав без уваги. Тоді селяни повставали, вбивали орендарів, маєткових управителів, палили майно панів, травили посіви.
Поширеною формою протесту були масові втечі селян з маєтків феодалів. Утікали поодинці, групами, сім’ями, а іноді й цілими селами. Інколи втікачам вдавалося захопити з собою деякі речі та худобу. Найбільше втікачів було з Волині, Поділля, Брацлавщини, Київщини, їхній шлях пролягав на вільні від кріпацтва землі — Лівобережжя та Слобожанщину. Всі спроби королівського уряду перешкодити втікачам виявлялися марними. Озброєні загони землевласників виловлювали втікачів, карали їх, повертали в кріпацтво, але втечі не припинялися. Щоб не потрапити до рук карателів, селяни об’єднувались у загони, озброювались і боронилися від ворогів. Багато з них, рятуючись від переслідування, переходили кордони Російської імперії.
Посилення феодального гніту викликає нову хвилю народних заворушень. До середини XVIII ст. вони охопили все Правобережжя. Основною рушійною силою цих повстань було селянство, яке активно підтримували козаки й міські мешканці. Гайдамаками(від тюркського «гайде» — гнати, нападати, турбувати) називали українських повстанців-месників на Правобережній Україні у XVIII ст. Перші згадки про гайдамаків належать до 1712 р. Гайдамацькі загони складалися з селян, козаків, наймитів, міщан-ремісників і навіть збіднілих шляхтичів. Поряд з українцями активну участь у гайдамацькому русі брали росіяни, білоруси, молдавани. Керували загонами переважно запорозькі козаки, які мали великий досвід боротьби проти польських панів та турецько-татарських завойовників. Запорозька Січ не тільки давала притулок гайдамакам, а й брала активну участь в озброєнні повстанців та їхній військовій підготовці. Спочатку гайдамацькі загони були невеликими й вели боротьбу розрізнено, переважно партизанськими методами. Гайдамаки нападали на панські маєтки, знищували панів та шляхту. Відібране у феодалів майно ділили між собою та віддавали селянам. Не випадково одного з керівників гайдамацького загону називали Гнатом Голим, адже він усе віддавав людям, нічого не залишаючи собі. Гайдамакам цілковито співчувало просте населення й православне духовенство. Часто, втікаючи від переслідування, гайдамаки знаходили притулок у православних монастирях. Поява гайдамацьких загонів наводила жах на панів. Про мужність і хоробрість цих борців народ складав пісні й легенди.
Виступи селян на Правобережжі та в Галичині тривали, а з 1750 р. перетворилися на могутнє антифеодальне повстання. На допомогу селянським загонам прийшли гайдамаки, яких очолювали М. Сухий, П. Таран, О. Письменний, М. Тесля. Повстанці вбивали феодалів, ксьондзів, палили й руйнували замки, костьоли, знищували боргові документи й архіви. Загони повстанців взяли Умань, Вінницю, Чигирин, Корсунь та Фастів. Боротьба зі шляхтою тривала з весни до зими 1750 р. На допомогу польському уряду прийшли російські війська. Повстання було придушено. Польські пани люто розправлялися з учасниками народних повстань, але це не припинило гайдамацького руху. Протягом 50—60-х рр. XVIII ст. гайдамацькі виступи охопили майже всю Україну, що перебувала під владою Польщі.
1768 р. польський король Станіслав Понятовський під тиском царського уряду підписав трактат про зрівняння в політичних правах протестантів та православних з католиками. Частина польської шляхти відверто виступила проти короля. Вона організувала велике військо й вирушила у хрестовий похід проти єретиків. Ця частина шляхти створила Барську конфедерацію (від назви м. Бара на Поділлі). Загони конфедератів розгорнули бойові дії проти королівського уряду й російських військ, які прийшли йому на допомогу. Вступ росіян до Правобережної України український народ сприйняв як сигнал до боротьби з панами. Поширювалися чутки, що російська цариця Катерина II нібито видала «Золоту грамоту», в якій наказала нищити шляхту, але гайдамаків били батогами, таврували, засилали на довічну каторгу до Нерчинська.
У травні 1768 р. на Правобережжі спалахнуло грандіозне народне повстання — Коліївщина (від слова «колоти»). Очолив повстання досвідчений запорожець Максим Залізняк. Його загін виступив із Холодного Яру поблизу Чигирина і взяв Смілу, Черкаси, Корсунь, Богуслав, Канів. Кількість повстанців швидко зростала. Вони знищували шляхту, католицьке духовенство, орендарів, палили маєтки, ділили панське майно. Тогочасний польський історик з жахом писав, що, здавалося, почалася нова «пожежа, подібна до Хмельниччини». Повстання швидко охопило майже всю Київщину, Брацлавщину, Волинь, Поділля, Галичину. В паніці шляхта тікала вглиб країни чи на Лівобережжя під захист російського війська. Багато шляхтичів сподівалися врятуватися в добре укріпленій Умані. Сюди підійшов тисячний загін Залізняка. Надвірні козаки графа Потоцького під командуванням Івана Гонти, які охороняли місто, перейшли на бік повсталих. Умань було взято, а шляхту перебито. Отаборившись під містом, Залізняк і Гонта посилали загони в інші частини Правобережжя. Вони сподівались на підтримку російського уряду. Налякана польська шляхта просила царських генералів придушити повстання. У червні 1768 р. Залізняк і Гонта були зрадницьки захоплені царськими військами. Після жорстоких тортур їх та решту гайдамацьких ватажків було страчено.
У Галичині, Закарпатті та на Буковині борців проти феодального й національного гноблення називали опришками. Багато селян, ремісників, наймитів тікали в гори, формували збройні загони, розправлялися зі шляхтою, поміщиками, орендарями, католицькими священиками та уніатами. Серед повстанців було чимало вихідців з інших територій України, а також Польщі, Угорщини й Молдови. Як і гайдамаки, опришки вдавалися до партизанської тактики, зненацька нападали на ворогів і швидко відходили, уникаючи відкритого бою. Озброєні вони були рушницями, пістолями, сокирами, ножами тощо. В очах простого люду це були народні месники — легендарні й непереможні герої. В кожній селянській хаті на них чекала підтримка і допомога. Опришки були тісно зв’язані з гайдамаками й часто діяли спільно з ними. Опришківський рух тривав у Галичині, на Закарпатті й Буковині аж до середини XIX ст.