В настоящее основными методами диагностики являются бактериологические исследования и химические методы дифференциации микроорганизмов и, в частности, газовая хроматография (ГХ) в сочетании с масс-спектрометрией (ГХ-МС).
У здоровых лиц около 95–99% микробов, поддающихся культивированию, составляют анаэробы, которые представлены бактероидами (105–1012 в 1 г фекалий) и бифидобактериями (108–109 бактериальных клеток в 1 г испражнений). Основными представителями аэробной флоры фекалий являются: кишечная палочка (106–109), энтерококк (103–109), лактобациллы (до 1010). Кроме того, в меньших количествах и реже выявляют стафилококки, стрептококки, клостридии, клебсиеллы, протей, дрожжеподобные грибы, простейшие и др.
Обычно при бактериологическом исследовании фекалий здорового человека обращают внимание на общее количество кишечной палочки (300–400 млн/г), количество кишечной палочки со слабовыраженными ферментативными свойствами (до 10%), лактозонегативных энтеробактерий (до 5%), кокковых форм в общей сумме микробов (до 25%), бифидобактерий (107 и более). Патогенных микробов семейства кишечных, гемолизирующей кишечной палочки, стафилококка, протея, грибов рода кандида и других бактерий в фекалиях здорового человека не должно быть.
Микробный состав фекалий чрезвычайно изменчивый, не отражает многообразную картину кишечного микробиоценоза и не дает возможности получить оперативную информацию о составе микроорганизмов в кишечнике. На практике для диагностики дисбактериоза приходится довольствоваться сведениями всего лишь о 15–20 видах микробов, содержащихся в кале. Обычно исследуют количество бифидобактерий, лактобацилл, энтеробактерий, кишечных палочек, протея, энтерококка, золотистого стафилококка, синегнойной палочки и кандид. Степень тяжести дисбактериоза определяется степенью снижения бифидобактерий и других облигатных микроорганизмов и повышения числа условно-патогенных видов.
Традиционными бактериологическими методами установлено, что нарушение микрофлоры кишечника (дисбактериоз) характеризуется значительным ростом численности микробов в просвете тонкой кишки (>105 ед/мл) и изменением микробного состава толстой кишки (снижение бифидо- и лактобактерий, увеличение численности условно-патогенной микрофлоры).
Метод ГХ-МС основан на определении компонентов бактериальных клеток, появляющихся в результате их естественного отмирания или атаки компонентов иммунной системы. В качестве маркеров используют минорные липидные компоненты мембран микробов. По их содержанию и количеству можно в течение нескольких часов определить до 170 видов аэробных и анаэробных бактерий и грибов в различных биологических средах.
Исследования мукозной микрофлоры разных отделов кишечника методом ГХ-МС при заболеваниях позволяют обнаружить более разнообразные и глубокие изменения.
К косвенным методам относят водородный тест и нагрузка лактулозой.