За ознаками їхньої економічної природи цінні папери, як правило, підрозділяють на пайові папери, боргові та похідні фінансові інструменти. Пайові папери засвідчують відносини співвласності або пайової участі у формуванні статутного фонду і розподіленні прибутку (акції). Боргові папери опосередковують кредитні відносини (облігації, ощадні сертифікати, депозитні сертифікати, векселі та ін.). Похідні фінансові інструменти (опціони, ф’ючерси, варанти та ін.) — це особливі фондові цінності, які фіксують проміжні права партнерів у процесі укладання угоди. Залежно від мети їхнього випуску: фондові й комерційні. Перші призначено для формування капіталу (акції, облігації та ін.), другі — для опосередковування товарних відносин (векселі, акредитиви та ін.) Залежно від емітента: папери, випущені урядом, державними установами, місцевими органами влади, банками, державними підприємствами, акціонерними товариствами, іншими недержавними підприємствами. За формою виплати дивідендів чи відсотків: іменні цінні папери, папери на пред’явника й переказні. Іменний цінний папір засвідчує право власності конкретної особи, а перехід цих прав потребує обов’язкової ідентифікації (підтвердження особи) власника. Цінний папір на пред’явника, навпаки, є безособовим, і перехід прав власності не потребує ідентифікації його попереднього власника.
Цінні папери (незалежно від їхніх інших ознак) можна підрозділяти на ринкові, котрі можна перепродувати, і неринкові, які дозволено продати тільки один раз: емітент продає цінні папери інвестору, який у цьому разі є не тільки першим, а й останнім покупцем цінних паперів такого виду. За терміном погашення: короткотермінові, середньотермінові, довготермінові, безтермінові. Щодо часу погашення — одні папери підлягають погашенню тільки в указаний термін, а інші — будь-коли. Цінні папери з правом раннього погашення поділяються на ретроспективні (з обмеженням) і неретроспективні. За способом виплати доходу: а) цінні папери з фіксованим платежем, до яких належать облігації та привілейовані акції; б) цінні папери з плаваючою ставкою, наприклад, облігації з плаваючим відсотком, що залежить, головне, від облікової банківської ставки; в) цінні папери, дохід від яких безпосередньо залежить від розміру чистого прибутку підприємства (прості акції, інвестиційні сертифікати). За місцем реєстрації офісу емітента: вітчизняні та іноземні. До іноземних належать цінні папери емітентів, котрі не є резидентами України і випуск яких (паперів) зареєстровано в інших країнах. За ознакою території обігу: регіональні (облігації місцевих органів самоуправління), національні (папери внутрішнього фондового ринку), міжрегіональні (папери, котрі можуть вільно обертатися на території інших держав).