Мембранные белки

 

Были предложены различные методы интерпретации КД-спектров мембранных белков в терминах вторичных структур, основанные как на эмпирических, так и на теоретических подходах. Исследование КД белков in situ во фрагментах биологических мембран сопряжено с множеством сложностей, не встречаемых в случае растворимых белков. Мембраны вносят вклад в поглощение и рассеяние света, что приводит к возникновению искажений (артефактов) в форме, интенсивностях и/или положении полос КД. В качестве примера на рис. З5.7 показаны спектры бактериородопсинa в пурпурных мембранах. Рассеяние света фрагментами мембран приводит к искажению минимума при 208 и 222 нм, а также к большей интенсивности всего спектра.

 

 

Рис. З5. 7. КД-спектры бактериродопсина в пурпурных мембранах (ромбики) и родопсина сетчатки быка, растворенного в детергенте лаурилмальтозиде (квадратики), фотоиндуцированного бычего родопсина в том же детергенте (крестики) (Fasman, 1996)

 

Рис. З5.8 КД-спектры поринов (преимущественно β-конформационных белков), растворенных в различных детергентах: мальтопорин (треугольники); порин E. coli (квадратики); порин E.coli в другом растворителе (крестики); фосфопорин (Х); порин Rhodobacter capsulatus (ромбики) (Fasman, 1996)

 

 

Растворенный в детергенте мембранный белок обычно свободен от таких артефактов (Рис. З5. 7). Тем не менее, исследования мембранных белков методом КД приходится проводить с большой осторожностью, так как различные детергенты могут вызвать небольшие изменения в конформации, которые будут заметны в спектрах.

Типичные спектры мембранных белков содержат полосы, соответствующие a-спиралям, как показано на рис. З5.7. Существуют подходы позволяющие различать периферийные и трансмембранные a-спиральные компоненты в КД-спектрах мембранных белков. КД-спектры поринов, которые имеют характерную бочкообразную трансмембранную b-структуру, показаны на рис. З5. 8. Различия в спектрах на рис. З5.8 отражают небольшие различия в содержании a-спиралей.