Белок-нуклеиновые взаимодействия

КД-спектры белок-нуклеиновых комплексов при длинах волн выше 250 нм обусловлены вкладом компонентов вторичных структур нуклеиновых кислот, что позволяет исследовать, к примеру, небольшие изменения в стэкинге оснований, а при измерениях ниже 250 нм доминирующим становится вклад вторичной структуры белков. В этом случае интерпретация усложняется и должна проводиться с учетом спектральных ширин и корректировки перекрывающихся полос нуклеиновых кислот. Некоторые типы комплексов относительно легко поддаются интерпретации. Это касается, в первую очередь, КД-спектров комплексов, содержащих РНК, которые не столь вариабельны, как спектры ДНК. На рис. З5.15 показаны КД- спектры, относящиеся к взаимодействию между белком и РНК в капсиде бактериофага.

 

 

 

 

Рис. З5.15. КД-спектры двухцепочечной РНК (сплошная линия), выраженные на моль нуклеотида, и белок-нуклеиновой капсиды (пунктирная линия) бактериофага f6 (Steely et al. 1986)

 

Бактериофаг f6 содержит три двухцепочечные молекулы РНК, связанные с белком в нуклеокапсиде. В интактном вирусе сама капсида окружена липидным бислоем. Анализ спектров изолированной двуспиральной РНК и нуклеокапсиды показывает, что основной вклад в области выше 240 нм принадлежит РНК (Рис. З5.15). В этой области наблюдаются сигналы, соответствующие структурным интермедиатам между А-формой и безводной А-формой, указывая на эффект конденсации. Вычитание спектра двуспиральной РНК из спектра нуклеокапсиды в области длин волн выше 240 нм дает возможность учесть вклад вторичной структуры белка. Анализ показал, что содержание a-спиралей в белке составляет около 50%.