Достоинства и недостатки каждого метода получения ионов представлены в таблице 7.2.
Из неё видно, что nanoESI, DIOS, с одной стороны, и MALDI, с другой стороны, фактически являются рекордсменами. Первые имеют самую высокую чувствительность для ионов, молекулярная масса которых располагается в интервале до 100 кДа, а MALDI, при меньшей чувствительности, охватывает область 80-1000 кДа. Отметим принципиальное отличие техники MALDI от ESI (nanoESI). Первая техника дает, как правило, однозарядные ионы, тогда как вторая многозарядные.
Кроме того, не стоит забывать, что для определения количества компонентов смеси, а также их идентификации часто используется сочетание хроматографии (газовой (GC) и жидкостной (LC)) с масс-спектрометрией. Компоненты, выходящие из колонки, попадают в ионный источник масс-спектрометра, где происходит их ионизация.
Таблица 7.2. Сравнительные характеристики различных типов ионизации биологических макромолекул
| Тип ионизации | Обозна-чение | Максимальня измеряемая масса (Дa) | Влияние матрицы | Возможная деградация | Сочетание LC/MS | Чувствительность в молях |
| Химическая | CI | нет | тепловая | очень ограничено | пикомоли | |
| Электронная | EI | нет | тепловая | очень ограничено | пикомоли | |
| Химическая | APCI | нет | тепловая | очень хорошее | десятки-сотни фемтомолей | |
| Фотонная | APPI | нет | излучением | очень хорошее | десятки-сотни фемтомолей | |
| Поверхностная | DIOS | 3,000 | нет | излучением | ограничено | от единиц фемтомолей до сотен йоктомолей |
| Бомбардировка из матрицы | FAB | 7,000 | есть | взаимодействием с матрицей | очень ограничено | наномоли |
| Электрораспыление | ESI | ~70,000 | нет | нет | очень хорошее | от нескольких пикомолей до сотен фемтомолей |
| Нанораспыление | nanoESI | ~70,000 | нет | нет | очень хорошее | от нескольких фемтомолей до сотен зептомолей |
| Испарение из матрицы | MALDI | ~800,000 | есть | излучением, взаимодействием с матрицей | возможно | фемтомоли |