Масс-анализатор пропускает ионы с разным соотношением массы и заряда за определенное время. Для анализа всех ионов масс-анализатор должен просканировать параметры поля за заданный промежуток времени. Эта скорость разворачивания поля называется скоростью сканирования и должна быть как можно больше (соответственно, время сканирования должно быть как можно меньше), поскольку масс-спектрометр должен успеть измерить сигнал за короткое время, например, за время выхода пика, из хроматографической разделительной колонки, которое может составлять несколько секунд. Самым медленным масс-анализатором является анализатор с магнитным сектором, минимальное время его сканирования без большой потери чувствительности составляет секунды. Квадрупольный масс-анализатор разворачивает спектр за десятые доли секунды, ионная ловушка быстрее, а линейная ионная ловушка – еще быстрее. Масс-спектрометр ионно-циклотронного резонанса работает чуть медленнее линейной ионной ловушки. Однако любое сканирование всех перечисленных выше масс-анализаторов является компромиссом между чувствительностью и скоростью, поскольку чем больше скорость сканирования, тем меньше времени тратится на запись сигнала от каждого пика и тем хуже чувствительность. Для практического применения скорости квадрупольного анализатора или ионной ловушки достаточно.