рефераты конспекты курсовые дипломные лекции шпоры

Реферат Курсовая Конспект

Карбогидраты

Карбогидраты - раздел Образование, Лекция 14. Масс-спектрометрия   Моносахариды В Исследован...

 

Моносахариды

В исследовании полисахаридов возникает первый главный вопрос: из каких моносахаридов построен полисахарид? Для этого полисахарид расщепляется до моносахаридов разрывом всех гликозидных связей с помощью кислотного гидролиза. После гидролиза можно выделить образовавшиеся моносахариды, установить их строение, и, таким образом, узнать каков моносахаридный состав полисахарида. Конечно, знание моносахаридного состава не позволяет сделать никаких заключений о последовательности моносахаридных остатков в цепи, о регулярности или нерегулярности ее структуры, о наличии или отсутствии разветвлений – словом, ни об одной характеристике макромолекулы как целого. В этом смысле его можно уподобить данным элементного анализа низкомолекулярного вещества. Более того, моносахаридный состав полисахарида умалчивает даже о многих особенностях строения самых моносахаридных остатков в полисахаридной цепи. Допустим, что в наших руках уже есть моносахарид, и попробуем ответить на вопрос: как далеко мы можем продвинуться в изучении его структуры, используя только масс-спектрометрию?

Установление строения моносахарида требует решения двух задач. Прежде всего, надо выяснить массу углеродной цепи, а затем природу, число и расположение функциональных групп, а для метилированных сахаров, в частности, – число и положение метильных групп.

Решение первой задачи для моносахарида не представляет труда в силу малости его молекулярной массы. Масс-спектры интактных моносахаридов просты и отражают, как правило, образование ионов с каким-нибудь щелочным металлом. Три таких спектра ионов D-галактозы со щелочными металлами с Na, K и Rb представлены на рисунке 9.13. Из него отчетливо видно, что связывание уменьшается по мере роста молекулярного радиуса щелочного металла.

 

Рис. 9.13. Масс-спектр ионов D-галактозы со щелочными металлами. Спектры получены ESI-тандемной масс-спектрометрией. Фрагментация осуществлена в коллизионной ячейке. Масса D-галактозы составляет 180 Да

Решение второй задачи сильно затруднено тем, что молекулы моносахаридов содержат много полярных групп, а это самым неблагоприятным образом сказывается на их летучести. Выход из положения состоит в получении более летучих производных с помощью определенных химических реакций, переводящих полисахариды в ацетат полиолы. Их получают с помощью двух весьма простых в эксперименте реакций: восстановление моносахарида боргидридом натрия и последуюшего ацетилирования.

Рис. 9.14. Схема химических реакций, приводящая к получению ацетатов полиолов из исходной D-галактозы

Кратко опишем эти реакции на примере той же D-галактозы (рис. 9.14). Фрагментация ацетатов полиолов такого типа относительно проста. Она включает первичные ионы, образующиеся путем разрыва C–C связей углеродного скелета, а также отщеплением CH3COO. Зная массу таких фрагментов и массу молекулярного иона, можно составить представление о структуре исходного полиола и, следовательно, моносахарида. Если в молекуле имеется дезоксизвено, как например в ацетате 28, образующееся из 2-дезокси-D-рибозы, то характерным оказывается разрыв цепи в β-положении. Зная эту закономерность, по величине m/z соответствующих фрагментов (в данном случае m/z=159) можно установить положение дезоксизвена.

К сожалению, такая простая схема страдает одной неопределенностью. Действительно, ацетат 29, образующийся из изомерной 4-дезоксирибозы 30, будет давать точно такой же фрагмент с m/z=159, только из нижней части молекулы. Поэтому, мы еще не вправе приписать структуру исходному сахару – это может быть либо 2-дезоксипентоза, либо 4-дезоксипентоза. Для ее устранения в молекулу искусственно вводится асимметрия. Для этого вместо боргидрида натрия на стадии восстановления применяют его изотопный аналог – тетрадейтерийборгидрид. Тогда у углеродного атома бывшей карбонильной группы, т.е. при С-1, появляется один атом дейтерия вместо одного атома протия. В результате ацетат полиола 31 из 2-дезокси-D-рибозы дает в масс-спектре тот же характеристический пик, но сдвинутый на единицу массы (разница масс дейтерия и протия), т.е. пик иона с m/z=160 вместо 159. А ион, возникающий путем аналогичной фрагментации из изомерного соединения 32, дейтерия не содержит и, следовательно, будет по-прежнему иметь m/z=159.

Олиго- и полисахариды

Как мы видим даже для моносахаридов применение метода масс-спектроскопии связано с большими сложностями. Для олиго- и полисахаридов эти сложности многократно возрастают. Главная трудность в структурной идентификации полисахаридов состоит в большом числе изомеров, возникающих как вследствие вариаций в позиции образования связи между остатками мономера, так и ввиду возможности образования множественных связей с одним остатком (ветвление). Например, для структурной идентификации прямой олигомерной цепи требуется знание последовательности и типов гликозидной связи. Все это в совокупности приводит к возникновению невообразимо огромного числа возможных изомеров даже у сравнительно простых олигосахаридов.

Более того, даже определение молекулярной массы полисахаридов становится нетривиальной задачей. Дело в том, что техника ионизации с помощью электрораспыления плохо подходит для исследования нативных полисахаридов по нескольким причинам. Во-первых, полидисперсность большинства полисахаридов приводит к очень сложным (перекрывающимся) MS-спектрам, поскольку при использовании этой техники каждое моновещество дает многозарядные пики. Во-вторых, эффективность ионизации полисахаридов методом электрораспыления очень низка.

 

а) б)

Рис. 9.15. а) Структура олигосахарида Man-8 и б) его MALDI спектр

 

Использование техники MALDI для ионизации полисахаридов до недавнего времени было затруднено отсутствием эффективных матриц. Используемая для этих целей стандартная матрица (2,5-дигидроксибензойная кислота, английская аббревиатура DHB) не позволяла достичь существенных успехов. Недавно было найдено, что использование матрицы 2’,4’,6’-тригидроксиацетофенон (английская аббревиатура THAP) позволяет существенно улучшить качество спектра. В качестве примера, приведем масс-спектр полисахарида C53H93NO41, (аббревиатура Man-8) (рис. 9.16). Как видно из рисунка масс спектр состоит из одиночной тонкой линии, соответствующей молекулярной массе 1400.3 Дa, что свидетельствует о присоединении атома натрия. Показано, что использование THAP в качестве матрицы позволяет определять молекулярную массу полисахаридов вплоть до 50 кДа.

 

Что касается структурных исследований олиго- и полисахаридов, то для них разработаны изощренные схемы ионизации, включая многие химические реакции, такие как, например, перметилирование, а для исследования их масс-спектров приходится использовать тандемные масс-спектрометры с порядком свыше двух. Получаемые при этом спектры носят очень сложный характер и в этой лекции не рассматриваются.

 

– Конец работы –

Эта тема принадлежит разделу:

Лекция 14. Масс-спектрометрия

Что такое масс спектрометрия... Джон Фенн изобретатель метода ионизации электрораспылением для биомолекул... Масс спектрометрия это искусство измерения молекулярного веса атомов и молекул Информации о массе или весе всегда...

Если Вам нужно дополнительный материал на эту тему, или Вы не нашли то, что искали, рекомендуем воспользоваться поиском по нашей базе работ: Карбогидраты

Что будем делать с полученным материалом:

Если этот материал оказался полезным ля Вас, Вы можете сохранить его на свою страничку в социальных сетях:

Все темы данного раздела:

Ионы в электромагнитном поле. Закон Лоренца
В масс-спектрометрии для измерения соотношений массы к заряду, используются законы движения заряженных частиц в магнитном или электрическом поле, носящие имя их первооткрывателя Лоренца. У

Разрешающая способность масс-спектрометрии
Способность к разделению масс определяется разрешающей способностью масс-спектрометра. Разрешение R здесь определяется как , где

Точность измерения массы
Точность измерения массы определяется как разность между измеренной и расчетной массами иона. Она выражается в процентах от измеренной массы (например, молекулярная масса = 10 000 ± 0.01%) или в до

Методы ионизации
В течение последних двух десятилетий масс-спектрометрия стала важнейшим аналитическим инструментом в структурной биологии. Этому способствовало развитие методов получения интактных, высокомолекуляр

От ионов в растворе к ионам в газовой фазе
Переход ионов из газовой фазы в раствор процесс самопроизвольный. В присутствии молекул растворителя, таких как H2O, «голые» (дегидратированные) ионы в газовой фазе, например Na+

Электронная ионизация
Электронная ионизация (EI от английского Electron Ionization) – наиболее часто используемая техника в масс-спектрометрии. Она является относительно простой иллюстрацией общего принципа ионизации пр

Бомбардировка быстрыми атомами
В масс-спектрометрии с использованием бомбардировки быстрыми атомами FAB (от англ. Fast Atom Bombardment), ионизация происходит при бомбардировке поверхности образца пучком атомов благородных газов

Плазменная десорбция
В масс-спектрометрии с плазменной десорбцией PD (английская аббревиатура от Plasma Desorption) образец наносится на металлическую поверхность и бомбардируется осколками ядер радиоактивного изотопа.

Ионизация лазерной десорбцией при помощи матрицы
При ионизации лазерной десорбцией лазерное излучение очень большой плотности фокусируется на маленьком участке, что приводит к крайне высокой скорости нагрева. В результате формируется локализованн

Химическая ионизация при атмосферном давлении
Химическая ионизация при атмосферном давлении APCI (английская аббревиатура Atmospheric Pressure Chemical Ionization) генерирует ионы непосредственно из раствора. Подобно электрораспылению, раствор

Фотонная ионизация при атмосферном давлении
Подвидом APСI является фотоионизация при атмосферном давлении APPI (английская аббревиатура Atmospheric Pressure Photoionization), когда десольватация осуществляется под действием ультра-фиолетовог

Ионизация лазерной десорбцией с поверхности кремния
В противоположность MALDI ионизация лазерной десорбцией с поверхности не содержит матрицы как таковой. Она осуществляется с поверхности твердого кремния и получила название DIOS (английская аббреви

Ионизация электрораспылением
Серьезную конкуренцию MALDI сегодня составляет метод ионизации, получивший название электрораспыления ЕSI (от английского Electrospray Ionization). Этот метод ионизации часто называют электродинами

Сравнение возможностей различных методов образования ионов
Достоинства и недостатки каждого метода получения ионов представлены в таблице 7.2. Из неё видно, что nanoESI, DIOS, с одной стороны, и MALDI, с другой стороны, фактически являются рекордс

Общая архитектура масс-спектрометра
Первый масс-спектрометр был построен в 1913 году, когда Дж. Дж. Томпсон предложил использовать постоянные магнитные и электрические поля для разделения двух изотопов благородного газа Ne, используя

Чувствительность
Чувствительность – одна из важнейших характеристик масс-спектрометра, показывающая какое количество вещества нужно ввести в масс-спектрометр для того, чтобы его можно было детектировать. Для просто

Скорость сканирования
Масс-анализатор пропускает ионы с разным соотношением массы и заряда за определенное время. Для анализа всех ионов масс-анализатор должен просканировать параметры поля за заданный промежуток времен

Вакуумирование
Масс-спектрометр – вакуумный прибор, снабженный специальной системой откачки. В масс-анализаторе заряженные частицы должны проходить расстояние в несколько метров, не сталкиваясь с молекулами остат

Масс-спектрометры с одиночной и двойной фокусировкой
В инструментах с одним фокусировочным сектором ионы с массой m, зарядом z и определенной кинетической энергией помещаются в магнитное поле B. Как было отмечено

Квадрупольный масс-фильтр
Разделение масс в линейном квадрупольном масс-фильтре (общепринятая английская аббревиатура Q) основано на достижении стабильной траектории для ионов с определенными значениями m/z в быстро

Kвадрупольная ионная ловушка
Квадрупольная ионная ловушка существует в линейном (английская аббревиатура LIT) и трехмерном исполнении (английская аббревиатура QIT). LIT первоначально разработана физиками, которые были заинтере

Масс-спектрометрия с фурье-преобразованием
В большинстве масс-спектрометров ионы детектируются благодаря электрическому току, который они вызывают при столкновении с поверхностью устройства, такого как электронный умножитель. Такой метод на

Времяпролетная масс-спектрометрия
Анализ масс во времяпролетном масс-спектрометре (английская аббревиатура TOF-MS от Time of Flight Mass-Spectrometers) основан на том, что ионы с разными значениями m/z обладают одинаковой эн

Тандемная масс-спектрометрия
Для получения структурной информации с помощью масс-спектрометрии молекула должна претерпеть фрагментацию с образованием ионов, значения m/z которых могут быть соотнесены со структурой. Вспо

Орбитальная ловушка ионов
В 2005 года появился коммерческий серийный масс-спектрометр, использующий в качестве масс-анализатора орбитальную ловушку ионов. В орбитальной ловушке ионов (английское сокращение Orbitrap), не исп

Представление масс-спектра вещества и его интерпретация
Масс-спектр вещества обычно представляется в виде вертикальных отрезков, каждый из которых представляет ион, имеющий определенное отношение массы к заряду m/z (положение на оси абсцисс) и ве

Масс-спектры простых соединений
Применим описанные выше правила к расшифровке нескольких простых соединений, находящихся в виде газов. На рисунке 9.2 показаны масс-спектры двуокиси углерода, пропана и циклопропана.  

Нуклеиновые кислоты
Идентификация оснований Эффективность исследования нуклеиновых кислот с помощью масс-спектрометрии отстает от изучения белков. Основная причина заключается в высоком сродстве нуклеи

Хотите получать на электронную почту самые свежие новости?
Education Insider Sample
Подпишитесь на Нашу рассылку
Наша политика приватности обеспечивает 100% безопасность и анонимность Ваших E-Mail
Реклама
Соответствующий теме материал
  • Похожее
  • Популярное
  • Облако тегов
  • Здесь
  • Временно
  • Пусто
Теги