До найбільш поширених способів застосування біологічних агентів відносяться:
1) розпилювання аерозолей біосуспензій (у вигляді бомб, мін, ракет, розпилення із самольотів тощо). Це найбільш небезпечний в епідеміологічному відношенні спосіб, оскільки може призвести до масового зараження незахищених людей, тварин, рослин та поверхні предметів на великих площах. Він дозволяє використовувати майже всі БА, у тому числі ті, які через повітря не передаються (висипний тиф, жовта лихоманка тощо). А також спричиняти вторичні зараження людей через заражену воду, продукти харчування, контактний шлях із зараженою поверхнею предметів навколишнього середовища чи укусів комах, тварин;
2) розповсюдження БА через, так звані біологічні вектори (наприклад бліх, клопів, кліщів, комарів, мух, тараканів, гризунів тощо);
3) диверсійний метод, наприклад зараження повітря у місцях масового скупчення людей (метро, аеро-, авто-, залізничних вокзалах тощо), зараження питної води (у водопроводах, колодцях тощо), продуктів харчування (на складах, у столових тощо).