Существуют два вида органов СНГ: 1) уставные органы, предусмотренные Уставом Содружества и 2) иные органы, которые создаются на основе соглашений или по решению Совета глав государств и Совета глав правительств.
Уставными органами Содружества являются: Совет глав государств; Совет глав правительств; Межпарламентская Ассамблея; Координационно-консультативный комитет; Совет министров иностранных дел; Совет министров обороны; Совет командующих пограничными войсками; Экономический Суд; Комиссия по правам человека.
При уставных и иных органах СНГ государства - участники имеют свои постоянные представительства и представителей, которые защищают интересы представляемого государства в этих органах, участвуют в их заседаниях, в переговорах и т.д. Эти постоянные представительства и представители на территории государств - участников пользуются привилегиями и иммунитетами, согласно Положению о них от 24 декабря 1993 г. Соответствующее представительство при уставных и иных органах Содружества, которое располагается в г. Минске, имеет и Российская Федерация.
Высшим органом СНГ является Совет глав государств. Он обсуждает и решает важнейшие, стратегические вопросы деятельности государств - членов в сфере их общих интересов. Решением Совета глав государств от 17 мая 1996 г. утверждены правила процедуры Совета глав государств и совета глав правительств СНГ. Следует отметить, что с 1991 по 2009 годы состоялось около 50 заседаний Совета глав государств, на которых рассмотрено более 500 вопросов по ключевым вопросам сотрудничества в рамках СНГ.
Совет глав правительств Содружества координирует сотрудничество органов исполнительной власти государств-членов в экономической, социальной и иных сферах их общих интересов. За 18 лет деятельности СНГ проведено около 70 заседаний Совета глав правительств, на которых рассмотрено и принято свыше 800 решений по важнейшим вопросам экономического, социального, гуманитарного и иных видов сотрудничества.
Межпарламентская Ассамблея (МПА)СНГ призвана осуществлять координацию межпарламентского сотрудничества. Этот орган имеет развитую организационную структуру, собственный бюджет. Одно из основных направлений деятельности МПА – разработка модельных законодательных актов для государств - участников СНГ, которых разработано и принято свыше сотни. Межпарламентская Ассамблея СНГ располагается в г. Санкт-Петербурге, в Таврическом дворце.
Совет министров иностранных дел (СМИД)государств - членов СНГ на основе решений Совета глав государств и Совета глав правительств осуществляет координацию внешнеполитической деятельности государств - участников, включая их деятельность в международных организациях, и организацию консультаций по вопросам мировой политики, представляющим взаимный интерес. Кроме того, СМИД разрабатывает предложения для Совета глав государств и Совета глав правительств Содружества и обеспечивает реализацию их решений.
Исполнительный комитетСНГ создан в 1999 г. на базе действовавшего ранее Исполнительного Секретариата СНГ. Исполнительный комитет возглавляет его Председатель - Исполнительный секретарь СНГ[19].
Иные органы СНГ действуют на основе решений об их создании, которые принимаются Советом глав государств либо Советом глав правительств СНГ. По большинству указанных органов приняты Положения о них, в которых определены права и обязанности органов, их структура, источники финансирования и т.п. К иным органам Содружества относятся, например, Исполнительный комитет, Экономический совет, Межгосударственный совет по антимонопольной политике, Совет руководителей внешнеэкономических ведомств, Совет министров внутренних дел и многие другие. Всего таких органов насчитывается около 70. Они действуют на основе положений, утвержденных, как правило, одновременно с созданием соответствующих органов.