Это программные комплексы обеспечивают управление специализированными и профильными медицинскими службами, поликлинической (включая диспансеризацию), стационарной и скорой медицинской помощью населению на уровне территории (города, области, республики).
На этом уровне медицинские информационные системы представлены следующими основными группами:
Информационные системы территориального управления здравоохранения, осуществляющие накопление и обработку информации о работе всех медицинских учреждений территории.
Персонифицированные регистры (базы и банки данных), содержащие информацию об определенных контингентах больных (профессиональные заболевания, сахарный диабет, наркология и т.д.).
Информационные системы отделений (центров) по оказанию экстренной консультативной помощи, обеспечивающие межбольничное взаимодействие для проведения дистанционных консультаций, выезда специалистов и эвакуации больных с целью оказания высококвалифицированной и специализированной медицинской помощи.
Информационные системы Фондов обязательного медицинского страхования, обеспечивающие информационную поддержку планирования и контроля финансирования медицинских учреждений через систему ОМС.
Информационные системы для организации и контроля лекарственного обеспечения населения, в том числе – учета льготных лекарственных средств.