Признав, что «машина» тела и занятое собственными мыслями (идеями) и хотениями сознание – это две не зависимые друг от друга сущности (субстанции), Декарт столкнулся с необходимостью объяснить, как же они сосуществуют в целостном человеке. Решение, которое он предложил, было названо психофизическим взаимодействием. Тело влияет на душу, пробуждая в ней «страдательные состояния» (страсти) в виде чувственных восприятий, эмоций и т.п. Душа, обладая мышлением и волей, воздействует на тело, понуждая эту «машину» работать и изменять свой ход. Декарт искал в организме орган, где бы эти две несовместимые субстанции все же могли общаться. Он предложил считать таким органом одну из желез внутренней секреции – «шишковидную» (эпифиз). Это эмпирическое «открытие» никто всерьез не принял.
Однако теоретический вопрос о взаимодействии души и тела в его декартовой постановке поглотил на столетия интеллектуальную энергию множества умов.