Сегодня исполнители музыки Баха разделены на два лагеря: предпочитающих аутентичное исполнение (или «исторически ориентированное исполнение»), то есть с использованием инструментов и методов эпохи Баха, и исполняющих Баха на современных инструментах. Во времена Баха не было таких больших хоров и оркестров, как, например, во времена Брамса, и даже наиболее масштабные его произведения, такие как месса си минор и пассионы, не предполагают исполнение большими коллективами. Кроме того, в некоторых камерных произведениях Баха вообще не указана инструментовка, поэтому сегодня известны очень разные версии исполнения одних и тех же произведений. В органных произведениях Бах почти никогда не указывал регистровку и смену мануалов[30]. Из струнных клавишных инструментов Бах предпочитал клавикорд. Он встречался с Зильберманом и обсуждал с ним устройство его нового инструмента, внеся вклад в создание современного фортепиано. Музыка Баха для одних инструментов часто перекладывалась для других, например, Бузони переложил органную токкату и фугу ре минор и некоторые другие произведения для фортепиано.
В популяризацию музыки Баха в XX веке внесли свой вклад многочисленные «облегчённые» и «осовремененные» версии его произведений. Среди них — широко известные сегодня мелодии, исполненные Swingle Singers, и запись Венди Карлос 1968 года «Switched-On Bach», где использовался недавно изобретённый синтезатор. Обрабатывали музыку Баха и джазовые музыканты, такие как Жак Лусье. Обработку Гольдберг-вариаций в стиле нью-эйдж исполнил Джоэль Шпигельман. Среди российских современных исполнителей отдать должное великому композитору попытался Фёдор Чистяков в своём сольном альбоме 1997 года «Когда проснётся Бах».